| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 249,538 | 0 | T | G | 14.4% | 294.8 / 3.6 | 156 | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/64); new base G (21/11); total (80/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTT‑CCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGC‑TCATCCGCCA‑GCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGC‑GGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGA‑TAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTT > NC_000913/249304‑249773 | gTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTT‑CCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGC‑TCATCCGCCA‑GCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑g < 1:961805/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |