| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,228,229 | G→C | 17.6% | pseudogene (381/1287 nt) | mdtQ ← | pseudogene; putative channel/filament proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,228,229 | 0 | G | C | 17.6% | 116.6 / 3.4 | 55 | pseudogene (381/1287 nt) | mdtQ | pseudogene; putative channel/filament proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/25); new base C (8/2); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.38e-01 | |||||||||||
TTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAG > NC_000913/2227996‑2228461 | ttcattttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTc < 2:197293/239‑1 (MQ=255) ccccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGccc < 1:31047/239‑1 (MQ=255) cccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGACAGCC‑AGCAATTGGCGTG‑TTTGCTCGCCGTTCC‑CCGccc > 1:1389657/1‑238 (MQ=255) gcgACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTACCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGc < 1:443207/239‑1 (MQ=255) gACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCtt < 2:105326/239‑1 (MQ=255) aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTaa < 2:789846/239‑1 (MQ=255) aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTaa < 2:548242/239‑1 (MQ=255) aTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGACGCCCGTGCTTTaa < 1:151826/239‑1 (MQ=255) gctgctGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTAcc < 2:1334211/238‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTTTCCC‑CGTTTCCCCCCCCGGCGTTTAACCGCAcccc > 1:418316/1‑238 (MQ=255) gcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCgg < 2:744170/239‑1 (MQ=255) gcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGTTCCCCCCCCCCGGCTTTTACCGGAACCcggcgg > 1:322603/1‑239 (MQ=255) gggTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCtt < 2:1212908/219‑1 (MQ=255) gggTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCtt > 1:1212908/1‑219 (MQ=255) ggTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGc < 1:894355/233‑1 (MQ=255) ttttGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCGAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGt < 2:126143/238‑1 (MQ=255) gCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCt < 1:316942/239‑1 (MQ=255) gCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCC‑CCGTTCGCCGCCCCGGGTTTTACCGACCCCCGGCGGGGAGtcaacccct > 2:894355/1‑230 (MQ=255) aTTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGccc < 1:670773/239‑1 (MQ=255) atCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCGGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCt < 2:828557/239‑1 (MQ=255) gTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTTCTCT‑CGTTCCCCCGCCCGTGCTTTAACCGTCCCCCGGCGGGCAGGAAACTCCGCCCCCTTCtttt > 1:643030/1‑237 (MQ=255) ttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTcccc < 1:425302/239‑1 (MQ=255) ttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTccc < 1:12253/238‑1 (MQ=255) ttCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTccc < 1:827047/238‑1 (MQ=255) aagaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCCTGCTTTTACCCGACCCAGGGGGGCAGTAACCTCCCCCCCGTTCTTTCCCCCGATATCGAGATG‑ccc > 1:503147/1‑237 (MQ=255) agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGGTCG‑CGGTCCGCCCCCCGGGCTTTTACCGGACCCCGGCGGGCAGGAAACCCCCCCCGGTTTTTTTCCCCGATATCGAGATA‑CCAg > 1:292781/1‑238 (MQ=255) agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGGTCCCCCGCCCGTGCTTTTACCGTACCCCGGCCGGCAGTAACCTCCCCCCCCTTCTTTCCCCCAATATCGCGATG‑cccg > 2:1336744/1‑236 (MQ=255) agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCC‑CGTTCCCCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTTCCCAGATATCGAGATG‑CCAg > 1:1066356/1‑238 (MQ=255) gaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTTCTCC‑CGTTCCGCCCCCCCTGCTTTTACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCCCCCCCCGGTTCTTTTCCCCGAAAACGGGCGG‑CCAG‑c > 1:870078/1‑238 (MQ=255) gTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGGACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCATATATCGAGATG‑CCAG‑Cccg > 1:866180/1‑238 (MQ=255) gTTCTGATAGAGCGGGCGACGGGCCGCGATAATGGTTCTCTTCTTTTTTTCTATTTGCGGCAAGACCGTGTTTAACGCCCCCTGGGTTTCCCACCCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTACCCGTCCCCAGGCGGGCAGTACCCCCCGCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGc < 2:292781/239‑1 (MQ=255) ttCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGGTTCCCCCCCCGTGCTTTAACCGTAACCAGGCGGGCAGTAACCCCCGCCCCATTCTTTTCCCCGATATCGGGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTTAGc > 1:261383/1‑238 (MQ=255) atatAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTTCTCG‑CGTTCCGCCGCCCCTGCCTTTACCAGACCCAGGCGGGCCGTAACCTCCCCCCGATTCTTTCCCCCGGTATCGAGAAG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAACCcaaaa > 1:116749/1‑238 (MQ=255) tGGCGATGGGTCGCTTTATTGGTTTTTCTCTTTTTTTCATTTTGGTGCAGGCCCTTGTTTAACCCCGCCGGGGTTTGCCCCCCCCAGTACGGGCGGGCTACCCTGCCAGCC‑AGAAATTGGGGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCCCCCTTGCTTAACCCGTACCCAGGCGGGCAGAACCCCCCGCCGGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGt < 2:870078/238‑1 (MQ=255) ggCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCC‑GGGTCCGCCGCCCGTGCTTTTAACGTTCCCAGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCGATTTTTTCCCCCGATATTGAGATG‑CCAG‑CCCGCCCGTAAACCCAAAGTACCGGTg > 1:1119971/1‑239 (MQ=255) ggCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTTC‑CCTTTCCCCGCCCGCTGTTTAACCGGACCCCGGAGGGGCGTAACCTCCCCCCGCTTCTTTCCCCAGCTATCGGTGTG‑TCCG‑CCCCCCGCTCAGCCAAAAGTAACGTTg > 2:979058/1‑239 (MQ=255) ggCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCCTGCTTTAACCCTACCCCGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCCGTTTTTTTCCCCGCTATCCAAATG‑CCAA‑CCCGCCGGTTAGCCAAAAAGACCCTTg > 1:787541/1‑239 (MQ=255) cGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTTCTCG‑CGTTTCCCCCCCCGCGCTTTTACCGTACCCAGCCGGGCAGTAACCCCCCCCCGATTCTTTTCCCCGATATTCAGATC‑ACAC‑CCCCCCCTTAAGACCAAAGAAcccctttg > 2:869279/1‑233 (MQ=255) ggTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGGTCCGCCGCCCCTGCTTTAACCGTACCCCGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCGATTCTTTCCCCCGATATCCAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTTAGCCAAAAGTACCCTTGGGGTAcc > 1:531076/1‑239 (MQ=255) taTAATGGTTTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTTTTTAACCCCGCCTGTGTTTGCCCCTCCCAGTACAGGCGGGCTCCGCTGCCAGCC‑AGCAATGGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTCCCGCCGCCCGTGCTTTACCCGTACCCAGGCGGGCAGTACCCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATAGCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACggg < 1:314184/237‑1 (MQ=255) aTACTGGTGTTCTGCTTTTTTTCTATTTGCGGCAAGACGGTTTTTACCGCCGCCTGGGTTTGCCCCCCCCAGTCCGGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGAAATTGGGGGG‑TTTGCCCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTACCCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATACCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGc < 2:322603/238‑1 (MQ=255) ttCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCCGGCGGGGAGGAACCTCCCCCCGCTTCTTTCCCCCGCAATCGAGATG‑CCCA‑CCCCCCCTTAAACCAAAAGTACCGTTGGGGTACCCCGGGCCGGTCGTa > 1:1212588/1‑237 (MQ=255) tgtTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTTGCGGG‑GTTTCTCG‑CGTTTCGCCCCCCCTGCTTTAACCCTACCCACGCGGGGCGCAACCCCCCCCCCATTCTTTTCCCCGATATCGCGCTG‑GCAC‑ACCCCCGTTTAGCCCAAAATACCGTTGGGGTACCACCGGGCTGTCGTACCCGCTGCCCGGACCGTT‑CACGGC‑AACGG‑ccc > 2:1172020/1‑238 (MQ=255) ccagtaacgggCGGGCTACGCTCCCGCCA‑AGCAATGGGCGGT‑TTTCCTCC‑CTTCCCGCCCCCCGTGCTTTACCCGTCCCCAGGCGGGAAGTACCCTCCCCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGc < 2:1066356/230‑1 (MQ=255) cccgTACAGGCCGGCTTCCCCTCCCGCCAAGCAA‑TGGCGGGTTTTGCCCC‑CGTCCCCCCCCCCTTCCTTTACCCGTCCCCGGGCGGGAAGTACCCCCCCCCCGTTTTTTCCCCCAGATACCGGAGGG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGc < 2:418316/236‑1 (MQ=255) ggCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCG‑CGTTTCGCCGCCCCGGCTTTTACCCCACCCCGGCGGGCAGTAACCCCCCCCCCATTCTTTTCCCCGATATCCAGGTG‑CCCGCCCCCCCTTTAACCCAAAAG‑ACCGCTTGGGTACCCCCGGGCGGGCGTACCTGC‑CGGCGGGTCCTTCCATGGCAAA‑GG‑CCCCCCTAAGCCCTCTGCCGGCCttttttttcggcccc > 2:530239/1‑228 (MQ=255) gCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGGGCTTTAAACCTACCCAGGCGGGCAGTAACCCCCCCCCGCTTTTTTCCCCCGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGCTAAGCCAAAAAGACCGTTGGGGTACCCCCGGGCGGGCGTACCCCC‑GGCCGGGTCGTT‑TCGAGCAAAAGG‑CCCCCTTTCGCCCTCTTCCGCCATTTTTTGCCGcccccaat > 2:149400/1‑235 (MQ=255) gCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTGCTCC‑CGTTTCGCCCCCCGGGCTTTAACCGTACCCCGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGGTTCTTTTCCCCGATATCCGGATG‑CCCG‑CCCCCCGTTTAGCCCAAAAGAACGTTGGGGTACCCCCGGCCGGGCGTAACTGC‑GGCCGGGTCGGT‑CAGGGGAAACGGCCCCCATTAA‑CCTTTCGCCGACCTTTTTTGCCGccccctt > 2:461439/1‑235 (MQ=255) ggcctccGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTGGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGTTTTACCCGTACCCAGGCGGGCAGTACCCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATAGCGAGATG‑CCGG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATc < 1:1034106/232‑1 (MQ=255) ggCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTTCTCG‑CGTTTCGCCGCCCCTGCTTTTACCGCACCCCGGCGGGGCGTAAACCCCCCCCCGTTCTTTTCCCCGAAATCCAGATGCCCGG‑CCCCCCGTT‑AGCCCAAAATACCGGTTGGGTACCCCCGGGCGGGCGGACCCGC‑CGGCGGGACGGT‑CCGAGCAAACGG‑GCCCCTTAAACCCTCTGCCGCCCTTTTTTTCCGCCCCctattc > 2:689866/1‑236 (MQ=255) ggCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTTCTCC‑CGGTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGCACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCCATTCTTTCCCCCGATATCGAGATG‑GCCG‑CCCCCCGTTAAGCCAAAAGTACCGCTGGGGGACCACGGGCCGGGCGGACCCGC‑GGCCGGCGCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCCTTAAGCCCTCTTCCGCCCTTTTTTTCCGCCCCCTATcc > 2:782493/1‑238 (MQ=255) ccagcc‑agCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCCCCGCAAAggc > 1:37076/1‑237 (MQ=255) attggggggg‑TTTGCTCT‑CTTCCCGCCGCCCGTGCTTCAACCGTCCCCGGGCGGGAAATACCCCCCCCCGGATTCTTCCCCCAGATATGGAGTTC‑CCGC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCgg < 1:488303/232‑1 (MQ=255) ggggggttttGCTCG‑CGTCCCCCCCCCCTTTCTTTACCCGTCCCCAGGGGGGCAGTACCCCCCCCCCGTTTCTTCCCCCAGATATCGAGATG‑CCAC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGa < 2:643030/230‑1 (MQ=255) ttGCTCG‑CGTTCCCCCGCCCGTGCTTACACCGTACCCAGGGGGGCAGTACCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAGAAACCGGGATG‑CCAC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAg < 2:531076/239‑1 (MQ=255) | TTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAG > NC_000913/2227996‑2228461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |