Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,608,226 | T→G | 17.3% | V437G (GTA→GGA) | hyfF → | hydrogenase 4, membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,608,226 | 0 | T | G | 17.3% | 150.0 / 2.8 | 84 | V437G (GTA→GGA) | hyfF | hydrogenase 4, membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/38); new base G (14/2); total (43/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCAC > NC_000913/2607999‑2608463 | aCTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGggtgggtg > 2:401377/1‑239 (MQ=255) tGCCCAAGTACGGCACGGCGGACATCAACTTCTTCTGTGGGATGCC‑CAAATTCAGGCAATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTgcg < 2:199646/239‑1 (MQ=255) gCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTgcgc > 1:731345/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGGCTGGTGCCGGTGGCTGcgcg > 2:169313/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGcgcg < 1:727574/239‑1 (MQ=255) tCAAGTACGGCACGCGCGATCTCACCGTCTGCTGTGGGGTGCC‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCgg < 1:1075543/239‑1 (MQ=255) cAAGTCGGGCCCGCGCGATCCCACCGTCGTCTGGGGGTTGCT‑CAAAATCATGCCATTTC‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCggg < 2:1135686/239‑1 (MQ=255) gTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGcgcg < 1:680689/234‑1 (MQ=255) gCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGTCTGGTACGGATGGCTGGGCggggggttatt > 2:49531/1‑231 (MQ=255) gCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATg > 1:131830/1‑239 (MQ=255) gCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATg > 1:791789/1‑239 (MQ=255) cACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGGTGTGCGGGGGTTAATg > 1:556004/1‑238 (MQ=255) cgcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGGGGGGTGCGCGGGGGGTTATgggttg > 2:680689/1‑235 (MQ=255) accagcgggtgtgGGATGGTCCAAACTCATG‑CATTTC‑CCCCCGTTGCTTTTTGGCGGCGGTGCGTGGGGGGTGGCAGGAAGGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTGCCGATTTTATGCCCATTCCCGCGGGAGGGGCACGTAACCCCCTGCTGATTGTCGCCCTGCTGTTATTGCTTTTAACGCGGGTGCGGGGGGGCCGGGTAGGGATGGTTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACcgccg‑c < 2:972813/230‑1 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGAAGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGGAACCCCCG‑CAGGGCGt > 1:569793/1‑239 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCCGGGACGGATGGGTGCGCGGGGGTTTATGGGGAAACCGCCC‑CAGGGCgg > 1:225201/1‑238 (MQ=255) tcTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGGAACCGCCG‑CAGGCCGtt > 1:1099160/1‑239 (MQ=255) tcTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATACCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CCGGCCGtt > 1:225630/1‑239 (MQ=255) gtgGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGGCGTTa‑a > 1:495754/1‑238 (MQ=255) aTGCT‑AAAAATCATGCCTTTCC‑CCGCCG‑TTCTGTTGGGGGGGGGGGGGTTGGCGCTGGCAGGGTTGCCGCCCTTC‑AACTTT‑TTTCTTAGCGATTTTATGACCATTCCCGCCGGACGGGCACGTAATCACCGGCGGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCGGGTGCGGGCGGGCCGGGTACGGATGGCGGCGCGGGTGTTAATGGCAAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCggg < 2:131830/238‑1 (MQ=255) gCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGAACGGCTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAAACGCCG‑CAGGGCGTTA‑ACCGGGGTg > 1:1295314/1‑239 (MQ=255) acgctattccccgccg‑GGCTTTTTGGGGGCGGTGCGCGGGGGTGGGCAGGGAGCCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTGGCGATTTTAGGACCATTCCCGCCGGACTGGCACGTAACCACCTGCTGATTATCGTCCTGTTGTTATTGCGGTTAACGCGGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGc < 2:1230515/227‑1 (MQ=255) 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tttA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCCGGTACGGGTGGGCGCGCGGGTGTTTATTGCGGAAACCCCC‑CCGGCCGTTA‑ACCCGGGGGGTCTCgggcgggttg > 2:59888/1‑230 (MQ=255) ccg‑TGCTGTTTGGCGTCGGTGCGCTTGCGCGAACGGGGATTGCGCCCTTT‑AACCTT‑TTGGTTATCGAAGTTGTGACGAATACCGCCGGGCTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGGTGTTTTTTCTGTTTACGCCGGTGCTGGCGGGCGTTGTAGTGGTGGCTGCGCGGGGGGTCATGGCGTAAACCCCG‑CCAGCCGCGA‑ACCCGGGTGATGTCTGCGGG‑TGTGACCACCTc > 2:508317/1‑239 (MQ=255) tGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CCGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCa > 1:191863/1‑239 (MQ=255) tGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGCTGCGCCGGGGTTTATGGGGAAACCGCCG‑CAGGCCGGTA‑ACCCGGGTGGTCTCGGCTGG‑G‑TGACCACCCCGCCa > 1:972632/1‑239 (MQ=255) gCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTCCCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCaa < 1:933052/239‑1 (MQ=255) cggcggTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGTTCTGGGACGGCTGGCTGCGCGGGTGTTCATGGGGTAAACGCCGCCGGGCGGTTC‑ACTGGGG‑GGTCTGGGCTCG‑G‑TGTCCACGCCGCCacaagggagtt > 2:1033644/1‑229 (MQ=255) ggccgctgacgctggCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTATTGTATTTATGACCATTACTGCCGGACTTGCACGTAATCTACTGCTGCTTTTCGTCCTGCTGTTATTGCTGGTCACGCTGGGGCTGGCGGGTCTGGTACGGGTGGGTACGCGGGGGATAATAGCGCAAAAGCCG‑CCGGCCGGTA‑AACAGGGGGATCGTGGCTGG‑T‑GGGCCGACCCGCCCGTGGTGGTTttgcgg > 2:508444/4‑237 (MQ=255) gTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGGGCGGGGGGTAATGGCGGAAACGCCC‑CCGGCCGGTT‑ACCCGGGGGGGCTCGGCCGGTT‑TGACACCCCCGCC‑ATGGGGATTctgctg > 2:454315/1‑239 (MQ=255) gTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGGGGTTTCGGGCGG‑G‑TGGCCACCCCGCCAAAGGTGATTctgctg > 1:1333837/1‑239 (MQ=255) 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cgccCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGGGGTCTCGGCTGG‑T‑TGACCCCCCCGCCCATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATTGGGAc > 1:486125/1‑238 (MQ=255) cccTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGCCCATTCCCGCCGGACTGGCACGTAATCCCCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCa < 1:749407/239‑1 (MQ=255) cccTTA‑AACTTT‑TTTCTTAGCGATTTAATCACCATTCCCGCCGGACTGGCTCGTAACCCCCTGTGGATTATGGTCCTGTTGTTATTGTTGTTAACGCGGGGGTTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGGGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCa < 2:556004/239‑1 (MQ=255) 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tttCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGGGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCCCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACaa > 1:472423/1‑237 (MQ=255) aGCGAATTTATGCCCATTCCCGCCGGACTGGCACATAATCCCCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCGGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGtcat < 1:778898/239‑1 (MQ=255) aGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCG‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTTCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAAACTGtcc > 1:381924/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |