| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,947,831 | T→G | 16.6% | N46T (AAC→ACC) | hdfR ← | flhDC operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,947,831 | 0 | T | G | 16.6% | 288.0 / 8.9 | 109 | N46T (AAC→ACC) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/72); new base G (17/2); total (35/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTCCGT‑ATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAA > NC_000913/3947606‑3948066 | aaGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑GAAAAGGTCAC‑cccccatgg > 2:1217950/1‑234 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |