| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 433,649 | T→G | 21.5% | G65G (GGT→GGG) | ribD → | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 433,649 | 0 | T | G | 21.5% | 111.5 / 7.4 | 92 | G65G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/41); new base G (14/7); total (44/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
AAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGT‑C‑ACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCT‑GGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGC > NC_000913/433414‑433883 | aaGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCC‑AAAGGTGCg < 1:1110967/239‑1 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGCCTAAGCCGTGCAGACCGAGTATGCCGTGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCACCCCGAAGGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTAGGGC‑GGGTGAAAAAGCC‑AAAGGTGCGACCGc < 2:372900/239‑1 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCC‑AAAGGTGCGACCg > 1:1255105/1‑238 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTACTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAGCC‑AAAGGGGCGACCg > 1:837203/1‑238 (MQ=255) 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aaGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACAGGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGt < 2:643917/238‑1 (MQ=255) aggggccgcgcgCCTGGAGCACTAAGCCGTGCAGGAGGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCGGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGGCGGGTGCGTCATTGTCAAAGAGGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCGCCAACGTGCGGGTAAACCACATGCCGAAGTCCACGCTTTGCGTAGGGC‑GGGTGAAAAAGCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGT‑c‑a < 2:664418/233‑1 (MQ=255) agagtgcgcgcgGCTGGAGTACTAAGCCGAGCGGGAACAGAATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACTGTTCACCACGCAACCCAACCCGAATGGCGGGTGGCTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGTTGAGGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCTTTGCGTAGGGC‑GGGTAAAAAAGCA‑AAAGGTGCGACCGCCTATGT‑c‑a < 2:200359/233‑1 (MQ=255) 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AAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGT‑C‑ACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCT‑GGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGC > NC_000913/433414‑433883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |