| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,088,429 | T→G | 9.3% | H476P (CAC→CCC) | frvR ← | putative frv operon regulator; contains a PTS EIIA domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,088,429 | 0 | T | G | 9.3% | 341.4 / 2.1 | 119 | H476P (CAC→CCC) | frvR | putative frv operon regulator; contains a PTS EIIA domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/75); new base G (11/2); total (42/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GCCAGATAGCTAAATATTTTTAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTGTTGTGCGACTAATTGCGCACAAATTTGCCGGGTAATATGTT‑GCCAGCTTTCACCGCGTACATTCGAATAATGAAAACTTCCGGGGGCAGA‑GAAAAAACGCTCCGGCTGTTGGCGAATAAATGCCGTCG‑CCAGAAAATGTTTTATTTGTTCGATACCGGCAGCCGTAATGA‑TATTTTTTA‑CGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCA > NC_000913/4088192‑4088666 | gCCAGATAGCTAAATATTTTTAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGgtg < 1:450667/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |