Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,088,445 | G→T | 8.8% | Q471K (CAA→AAA) | frvR ← | putative frv operon regulator; contains a PTS EIIA domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,088,445 | 0 | G | T | 8.8% | 501.1 / 2.3 | 159 | Q471K (CAA→AAA) | frvR | putative frv operon regulator; contains a PTS EIIA domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/90); new base T (14/3); total (66/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TTAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTGTTGTGCGACTAATTGCGCACAAATTTGCCGGGTAATATGTT‑GCCAGCTTTCACCGCGTA‑CATTCGAATAATGAAAACTTCCGGGGGCAGA‑GAAAAAACGCTCCGGCTGTTGGCGAATAAATGCCGT‑CGCCAGAAAATGTTTTATTTGTTCGATACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTA‑CGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATC > NC_000913/4088211‑4088680 | ttAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTGTTGTGCGACTAATTgcgc > 1:536941/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |