| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,228,215 | T→G | 10.4% | V162G (GTG→GGG) | yjbB → | putative Na+/Pi‑cotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,228,215 | 0 | T | G | 10.4% | 400.7 / 3.1 | 138 | V162G (GTG→GGG) | yjbB | putative Na+/Pi‑cotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/53); new base G (16/2); total (83/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.67e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGACTTATCCTGGCTGTCACCGTTACTTATTTTTATCGGCGTGATTTTTTTCCTCGGACGCAAACAGTCACGCGCCGGGCAACTGGGCCGCGTCGGTATTGGTCTTGGGCTGATTTTGCTAGCGCTGGAGTTGATTGTGCAGGCCGTAACGCCGATCACCCAGGCAAACGGCGTTCAGGTGATCTTTGCCTCGCTGACCGGCGATATTCTGCTGGATGCGCTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAACAGTGCCGCCAATGCCGCAGCCCGCCGTGTCGC > NC_000913/4227977‑4228446 | ttGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGTGACGGCGCGAATGGCGCGTATTCTGCCCTTCGACTTATCCTGGCTGTCACCGTTACTTATTTTTATCGGCGTGAGTTTTTTCCTCGGACGCAAACAGTCACGCGCCGGGCAACTGGGCCGCGTCGGTATTGGTCTTGGGCTGATTTTGCTAGCGCTGGAGTTGATTGTGCAGGCCGTAACGCCGATCACCCAGGCAAACGGCGTTCAGGt < 2:937610/238‑1 (MQ=255)ctGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGACTTATCCTGGCTGTCACCGTTACTTATTTTTATCGGCGTGATTTTTTTCCTCGGACGCAAACAGTCACGCGCCGGGCAACTGGGCCGCGTCGGTATTGGTCTTGGGCTGATTTTGCTAGCGCTGGAGTTGATTGTGCAGGCCGTAACGCCGATCACCCAGGCAAACGGCGTTCAGGt < 1:1073484/239‑1 (MQ=255) gTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGACTTATCCTGGCTGTCACCGTTACTTATTTTTATCGGCGTGATTTTTTTTCTCCGACCCCAAAAGTCCCTCGCCGGGCAACCGGGGCTCGTCGGTATTGGTTTTTGGGTGATTTTGCTAGCGCTTGAGTTGGTTGTGCAGGCCGTTACGCCGGTCACCCAGGCAAACGGCGTTCAGGGGAt > 2:479781/1‑239 (MQ=255) gTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGACTTATCCTGGCTGTCACCGTTACTTATTTTTATCGGCGTGATTTTTTTCCTCGGACGCAAACAGTCACGCGCCGGGCAACTGGGCCGCGTCGGGATTGGTCTTGGGGTTATTTTGCTAGCGCTGGAGTTGATTGTGCAGGCCGTAACGCCGATCACCCCGGCAAACGGCGTTCCGGTgg > 2:439489/1‑237 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |