| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,228,310 | G→C | 11.3% | pseudogene (300/1287 nt) | mdtQ ← | pseudogene; putative channel/filament proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,228,310 | 0 | G | C | 11.3% | 210.6 / 2.2 | 96 | pseudogene (300/1287 nt) | mdtQ | pseudogene; putative channel/filament proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/44); new base C (3/9); total (43/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCT‑ACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCC‑GATTCTTTC‑CCCAG‑ATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTG > NC_000913/2228073‑2228544 | agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCT‑ACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGTTCCCCCCCCCCGGGTTTAACCGTACCCCGGCGGGGCGTAACCTCCGCCC‑GATTCTTTC‑CCCCC‑ATATCGCGATGCCAg > 1:825542/1‑238 (MQ=255)agaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGACCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCT‑ACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTTCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGGAACCTCCCCCC‑GCTTCTTTC‑CCCAG‑ATATCCGGATGCCAg > 1:20550/1‑238 (MQ=255) cccGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCT‑ACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTTACCGTAACCAGGCGGGGCGTAACCTCCCCCC‑GATTCTTTC‑CCCCG‑ATATCGAGATGCCAGCccgcccgta > 1:667101/1‑235 (MQ=255) gTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCT‑ACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGGTCGCGTTCCGCCGCCCCGGCTTTTACCGTACCCCAGCGGGGAGTAACCCCCGCCC‑CATTCTTTT‑CCCAG‑ATATCGAGATCCCACCCCCCCGTTAAg > 1:817556/1‑238 (MQ=255) gTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCT‑ACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCCGTTCGCCGCCCGGGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGGAAACTCCCCCC‑GATTCTTTC‑CCCCC‑ATATCGCGATCCCAGccccccctctag > 2:1436285/1‑232 (MQ=255) ttCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCT‑ACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGGTTCGCCGCCCGTGCTTTAACCCTAACCCGGGCGGCCGTAACCTCCGCCC‑CCTTTTTTC‑CCCCG‑GTAACCAGGTGCCCACCCGCCCtttacc > 1:674032/1‑234 (MQ=255) ataGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCT‑ACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCCCCGCCC‑GATTCTTTC‑CCCAG‑ATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTa < 1:1145014/239‑1 (MQ=255) 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aCCTCCGCCC‑GATTCTTTC‑CCCAG‑ATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTCGGCTTCAGCTAGCTGACTGCGCTGTTCAg > 2:1333063/1‑238 (MQ=255) ccTCCGCCC‑GATTCTTTC‑CCCAG‑ATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGcc < 1:443943/239‑1 (MQ=255) cccccccc‑TATTCTTCC‑CCAAG‑ATACCGGGGCGCCGCCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCa < 2:852293/234‑1 (MQ=255) 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cTTCC‑CCCAG‑ATATCGAGAGGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCg < 1:18849/239‑1 (MQ=255) tttC‑CCCAG‑ATATCGAAATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATT‑AGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGt < 1:751298/239‑1 (MQ=255) tttC‑CCAAG‑ATTCGGAGATGCCGGCCCGCCGTTAAGCC‑AAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGt < 1:1067970/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |