| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,142,658 | C→G | 6.9% | G43G (GGC→GGG) | frwC → | putative enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,142,658 | 0 | C | G | 6.9% | 500.0 / 3.8 | 179 | G43G (GGC→GGG) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/96); new base G (12/2); total (81/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
AAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGC‑GGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTAT‑GGCAAAGGCGCAGTGCCGGAT‑GCCGTAGCC‑GATCCAAATCTG‑AAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGCGGGCTTGACGCTGATGGTGCCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGGTTATTC‑CATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCGTGGTGCATTACCTGAAGA > NC_000913/4142421‑4142893 | aGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGC‑GGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCCTGTTGTAT‑GGCAAAGGGGCa > 1:1323262/1‑239 (MQ=255) gTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGC‑GGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTTATTTTGTTT‑GGCAAAGGAGCaa > 2:738890/1‑238 (MQ=255) gTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGC‑GGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGCTGTAT‑GGCAAAGGCGCAg > 1:108732/1‑239 (MQ=255) tCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTCGCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGAGTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGC‑GGTATTTTGCTGGCGGTTTTCGTCCTTTTGTAT‑GGCAAAGGCGCCGt > 1:554589/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |