| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,421,192 | A→G | 12.0% | S405G (AGT→GGT) | ulaA → | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,421,192 | 0 | A | G | 12.0% | 316.2 / 4.9 | 130 | S405G (AGT→GGT) | ulaA | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/36); new base G (2/16); total (76/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGG‑TATGAGTGCCTGGATGGGCAT‑GGCGGACTGGTCGATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGGCTGTGTGTGGCAACGGA > NC_000913/4420954‑4421428 | cGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGG‑TATGa < 2:1244794/239‑1 (MQ=255) gCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGG‑TATGAGTGCCTGGAt < 1:1310151/238‑1 (MQ=255) tttATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCCCCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGG‑TATGAGTGCCTGGATgg < 1:514466/238‑1 (MQ=255) gttATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATGGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGTCTCCGCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAGTCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGG‑TATGAGTGCCTGGATggg < 2:1392782/238‑1 (MQ=255) 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tATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGG‑TATGAGTGCCTGGATGGGCa > 1:914033/1‑239 (MQ=255) tATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCAGCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGG‑TATGAGTGCCTGGATGGGCa < 2:732646/239‑1 (MQ=255) gtgGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGG‑TATGAGTGCCTGGATGGGCAT‑gg < 2:1414235/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |