| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 433,649 | T→G | 16.5% | G65G (GGT→GGG) | ribD → | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 433,649 | 0 | T | G | 16.5% | 145.0 / 4.7 | 93 | G65G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/48); new base G (14/3); total (42/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
AAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACC‑ACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCG‑CCGCTGGCGTAGCGCG‑CGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAG > NC_000913/433414‑433874 | aaGAATTTGGGGAAGAAATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGGTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTAATTGTAAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACC‑CCCAACGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTCCACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCAAAAGGTGCg < 2:713013/239‑1 (MQ=255) aaaaTTTGGCGAAGAGACCGCGCCGCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGGGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCAAAATTGTCGGTGAAGGTTACC‑ACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGa < 1:1127808/237‑1 (MQ=255) aTTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACC‑ACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGAc < 1:471289/237‑1 (MQ=255) aTTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACC‑ACCAACGAGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGTAAAAGACCAAAGAGCGAcc > 2:1127808/1‑238 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACC‑ACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAGCCAAAAGGGCGAcgc > 1:885391/1‑236 (MQ=255) 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AAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACC‑ACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCG‑CCGCTGGCGTAGCGCG‑CGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAG > NC_000913/433414‑433874 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |