Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,219,539 | C→T | 6.9% | A315V (GCG→GTG) | aceK → | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,219,539 | 0 | C | T | 6.9% | 296.1 / 9.3 | 98 | A315V (GCG→GTG) | aceK | isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/38); new base T (4/3); total (57/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTGATACCTGCCTGACGACGACCGCCGAAGCGAGCATTGTTTTTGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTATGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAAACCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAGCGCCGGGTATTCGTGGAATGGTGATGTTGGTGTTTACGCTGCCGGGCTTTGATCGGGTATTCAAAGTCATCAAAGACAGGTTCGCGCCGCAGAAAGAGATGTCTGCCGCTCACGTTCGTGCCTGCTATCAACTGGTGAAAGAGCACGATCGCGTGGGCCGAATGGCGGACACCCAGGAGTTTGAAAACTTTGTGCTGGAGAAGCGGCATATTTCCCCGGCATTAATGGAATTACTGCTTC > NC_000913/4219302‑4219778 | gtGATACCGGCCGGCCGACGACCGCCTAATGGAGCATTGGTTTGGGCTTTGCGCGTTCTTATTTTAGGGTTTATGCGCCGCTGCCCGCAGCGCTGGTCGAGTGGCTACGGGAAATTCTGCCAGGTAAATCCACCGCTGAATTGTATATGGCTATCGGCTGCCAGAAGCACGCCAAAACCGAAAGCTACCGCGAATATCTCGTTTATCTACAGGGCTGTAATGAGCAGTTCATTGAAgcg < 2:1194446/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |