| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,421,183 | A→C | 25.2% | T402P (ACC→CCC) | ulaA → | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,421,183 | 0 | A | C | 25.2% | 172.4 / 9.9 | 92 | T402P (ACC→CCC) | ulaA | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/19); new base C (5/21); total (48/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCAT‑CGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGG‑TT‑GCGTCTGGGCGGT‑GAAACTCACCGGTAT‑GAGTGCCTGGATGGGCATGGCGGACTGGTCGATTCTGGCACCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGGCTGTGTGTG > NC_000913/4420949‑4421420 | aaCGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCAT‑CGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTTCGGCGCCGAAGATTTGTCTGGTGGTGGGGATGATCGAAATCTTTGG‑TT‑GCGTCTGGGCGGC‑GGAACTCACCgg > 1:786067/1‑239 (MQ=255)aaCGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCAT‑CGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGGTTTGTCTGGTGATGGGGATGCTCGAAATCTTTGG‑TT‑GCGGCTGGGCGGG‑GAAACTCCCCgg > 1:854131/1‑239 (MQ=255) gacGTGGTCTGGGGCGTGATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCAT‑CGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTTGG‑TT‑GCGTCTGGGCGGT‑GAAACTCACCGGTAt < 1:456196/237‑1 (MQ=255) cgcggggTCTGGGAATTGATGTGGGGCACCGTCGGTCAGCTGGTCGGTGTTGTCCGCCGGGTCGCCTGCGGCGCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTAGCCCGAGGTTCTTCTCTAACGCCACTAT‑CGGCGTGTTCGCTAACCGCTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAGTCTTTGG‑TG‑GCGTCTTGGCGGT‑GAAACTCACCGGTAt < 2:1024601/234‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |