| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 630,187 | A→G | 12.9% | G98G (GGA→GGG) | cstA → | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 630,187 | 0 | A | G | 12.9% | 386.3 / 6.2 | 165 | G98G (GGA→GGG) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/81); new base G (10/16); total (67/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
GCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTT‑CGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCA‑GGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGC‑TACCT‑GCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTG > NC_000913/629951‑630419 | ggATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTT‑CGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGGGCA‑GGTcc > 1:1051140/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |