| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 275988 | 42 (0.720) | 3 (0.050) | 3/504 | NT | 5.9% | coding (664/1404 nt) | mmuP | CP4‑6 prophage; putative S‑methylmethionine transporter |
| ? | NC_000913 | = 276355 | 55 (0.970) | coding (1031/1404 nt) | mmuP | CP4‑6 prophage; putative S‑methylmethionine transporter | |||||
TTATTTTCTTTATCGGCACCGTGTTTGTGCTGGCAGCGCTGATCCCGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTT > NC_000913/276070‑276643 | ttattTTCTTTATCGGCACCGTGTTTGTGCTGGCAGCGCTGATCCCGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATgct > 1:133795‑M2/1‑286 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cgcgAGTAACGAAAAACGGCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTgtgt > 2:41237/1‑289 (MQ=255) gcgAGTAACGAAAAACGGCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATgctcggtacccgaaaaagcaaagttcactgccaccatagtcatcaaaatcggtaagccaccgtgcgggaaccagccttctgccgtgata < 2:177592‑M2/137‑90 (MQ=255) gcgAGTAACGAAAAACGGCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATgctcggtacccgaaaaagcaaagttcactgccaccatagtcatcaaaatcggtaagccaccgtgcgggaaccagccttctgccgtgata > 1:177592‑M2/1‑48 (MQ=255) agaaCGTCGTGCCACGTACGGCGCTTTCGGTCAGTAGGCTCGGTGGTGTGCTTGCGCGGTTTGCCGGCGTGGTGGCGCCGGACACGTTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCTGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCAtt < 2:237264/287‑1 (MQ=255) aCGGCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGa > 1:69658/1‑289 (MQ=255) ggCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATc < 1:338725/289‑1 (MQ=255) cgcTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCAGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCaga < 1:36326/282‑1 (MQ=255) cgcTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCAGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCaga > 2:36326/1‑282 (MQ=255) tGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAAGTGCGTTGTGGTGCGGGtt > 1:302854/1‑289 (MQ=255) | TTATTTTCTTTATCGGCACCGTGTTTGTGCTGGCAGCGCTGATCCCGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTT > NC_000913/276070‑276643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |