| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,904,420 | A→T | 6.6% | I176F (ATC→TTC) | manZ → | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,904,420 | 0 | A | T | 6.6% | 203.1 / 5.3 | 61 | I176F (ATC→TTC) | manZ | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/31); new base T (2/2); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
GCGTAACCCTGGCGCTGGAAGAACAGCGTGCTAATGGCGCAGAGATCGACGACGGTGCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCT > NC_000913/1904145‑1904696 | gCGTAACCCTGGCGCTGGAAGAACAGCGTGCTAATGGCGCAGAGATCGACGACGGTGCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGata < 2:29516/288‑1 (MQ=255) aaCCCTGGCGCTGGAAGAACAGCGTGCTAATGGCGCAGAGATCGACGACGGTGCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTATGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGCAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATggg < 2:484059/288‑1 (MQ=255) gcgcTGGAAGAACAGCGTGCTAATGGCGCAGAGATCGACGACGGTGCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCt > 2:418998/1‑289 (MQ=255) gCGTGCTAATGGCGCAGAGATCGACGACGGTGCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAACAACTg > 2:115354/1‑289 (MQ=255) 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gTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt > 2:235444/1‑289 (MQ=255) tGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACACGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGCACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtttg > 1:447254/1‑289 (MQ=255) ccGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaa < 2:414139/289‑1 (MQ=255) cGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTaa > 1:342677/1‑288 (MQ=255) tGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGaa > 2:482483/1‑175 (MQ=255) tGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGaa < 1:482483/175‑1 (MQ=255) ggTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatca > 1:285398/1‑289 (MQ=255) cTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTATCAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGtt > 1:168647/1‑289 (MQ=255) aaGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGct > 1:108037/1‑288 (MQ=255) | GCGTAACCCTGGCGCTGGAAGAACAGCGTGCTAATGGCGCAGAGATCGACGACGGTGCTATCAACGGTATCAAAGTCGGTTTGATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGG‑TTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCT > NC_000913/1904145‑1904696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |