| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 360,362 | T→G | 16.4% | V124G (GTG→GGG) | cynX → | putative cyanate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 360,362 | 0 | T | G | 16.4% | 151.8 / 2.6 | 65 | V124G (GTG→GGG) | cynX | putative cyanate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/33); new base G (10/3); total (29/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGG > NC_000913/360126‑360595 | ggtTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGa < 1:352209/239‑1 (MQ=255) 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ggcTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGAGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGGGATGCCTTCGGTGAGTAAACGGCGGTTTCAGCCGTGCACCCCCCCGGGGGTGGGGCGGGGGtg > 2:272724/1‑237 (MQ=255) gtggcgctggcCGGAGGCTGGCTTCAGCAGCATGTCAGCGAACTGCGCAGTGTCGCCATCAGCCTGTTGGTGATGGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGGGCTTTAGGCGCAAAGGGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCGCTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAGCGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCcg < 2:623922/237‑1 (MQ=255) gtggcgctggcCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCcg < 1:1052426/237‑1 (MQ=255) 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1:553068/185‑1 (MQ=255) tGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCGGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCTGAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGgc > 1:43667/1‑237 (MQ=255) tACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGctgcctgc < 1:30103/239‑1 (MQ=255) aaaGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCCCTGGGGATGGGGCTGTGGGCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGCGGGCTTTGTGCCGCCCTAACGCCCCGGTTAGTTCAACATAGCGGGACCTGGGAGCAAAACCTCCCCTGGG‑GGGGGCTCCCCGCCggtggt > 2:194379/1‑237 (MQ=255) 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gCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGc < 1:1080995/239‑1 (MQ=255) ctgtGGGGATGGGGGTGTGGTCCGCTGCTCTGATGGGCGTGGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGGGAAACCTGGTATCAAACACTCTCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTg < 2:1045810/236‑1 (MQ=255) cACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTg < 1:283134/239‑1 (MQ=255) aCTGGTGGTGGGGCTGGGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCTCCATAACGCCCTGGTTAGTCCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTgg < 1:540432/239‑1 (MQ=255) aCTGGGGATGGGGGTGTGGTCCGCGGCTCGGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTgg < 2:869465/239‑1 (MQ=255) | GGTTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGGCTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGG > NC_000913/360126‑360595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |