| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,513,778 | T→G | 14.3% | V321G (GTG→GGG) | ydcT → | putative ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,513,778 | 0 | T | G | 14.3% | 201.9 / 3.0 | 78 | V321G (GTG→GGG) | ydcT | putative ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/41); new base G (11/2); total (35/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGA > NC_000913/1513542‑1514012 | tGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGa < 1:681292/239‑1 (MQ=255) tGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTcc < 1:61927/239‑1 (MQ=255) cAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTg < 1:789453/238‑1 (MQ=255) agagAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACCGGTTGTGAGTCAGGGCAATAAAACAGGCGGAGAACTAGCCGTCAAGCCCACGCCCGGCCAAACGGCGAGGGTTTCCTg > 2:515059/1‑237 (MQ=255) agaAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGGGAAAAACTGGTTGTGAGGCAGGCCAATATGAAAGGCGAAGAACTGCCCGCCACGGTCACGCCCGGAACACAGGTGGTGGGTTTCTGGTcg > 1:286126/1‑239 (MQ=255) aaCTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTcgcg < 1:730019/238‑1 (MQ=255) tgtgGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGACCATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCgtgatgt < 1:780810/239‑1 (MQ=255) tgGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGGGGCAGGGCAATATGACAGGCGGAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGGTGGTTTTCTGGTTGCggggtgtga > 1:659623/1‑239 (MQ=255) cGGGAAGCTTCGACAGAGAACCGGTACATATCGGCCGCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCCGTAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGTCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACACCAGGTGATGGTTTCCTGCTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCg < 2:1203665/239‑1 (MQ=255) agggAAGCTGCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCGTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCTGTGCAATATCAGGGCGAGGAAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCg < 2:717505/238‑1 (MQ=255) cGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAAATCGTTTTGAACTGAAATTGGAAGGCGGTGAAAAAATGCCTGTGAGTGAAGGCAATATTAAAGGGGGAGAAATGACCGCCCCGCCCAAGCCCCGACCACAGGGGAGGGGTTCCCGGTAGCGGGCGGGGATGGGG‑CCggcgggggggg > 2:1049208/1‑229 (MQ=255) gCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTgagga < 1:118508/239‑1 (MQ=255) gCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTgagga < 1:564168/239‑1 (MQ=255) cccTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTgaggag < 2:1014104/239‑1 (MQ=255) cGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAAATGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGGAGAACGGCCTGCCCCGCTCAAGCCCGGACAAAAGGTGAGGGGTTCCTGGGCGCGTGCGGTGATGGTGCCCGCTGGtgtggggggggg > 2:885081/1‑228 (MQ=255) gCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCCGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAGCGGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTa < 1:584408/239‑1 (MQ=255) gCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTa < 1:107661/239‑1 (MQ=255) gCCCCAACACCCCGGGTGAGCTGCAGGCCAATGGCACGGGCCAGGCGGTGCAAGATCAGGGCGCGGGAACTCGGTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGATGGTTTCCTGGGCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTa < 2:910080/239‑1 (MQ=255) cccTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGt < 1:390034/192‑1 (MQ=255) cTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACCGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGAAAGGCGAAGAAATGCCCGCCCCGCTCACGCCCGGACAAAAGGGGATGGGTTTCTGGTCGCGGGATGTGGTGGGG‑CCGGCGGCTGAGGAGAGGGGAATGGCGGTGACTGTATTGCAA‑TCaacg > 2:24530/1‑236 (MQ=255) aCTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTc < 1:1147986/239‑1 (MQ=255) aGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAgg < 2:397207/238‑1 (MQ=255) ccAATGGCACGATGCAGTGGGTGGAATATCAGTGCGCAGCATGTCGTTTTGAACTGAAATTGAAGGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGGCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCGTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGt < 2:538988/236‑1 (MQ=255) ccAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGt < 1:885081/236‑1 (MQ=255) tGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTa > 1:238397/1‑239 (MQ=255) cGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCCTGTGAGTCAGGCCAATATGACAAGGGAAGGACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGAGGGTTTTCTGGTGGCGTGGTGTGGTGGCG‑CCGCCGGGTGGGGAGAGGGGAATGGCGGAGGATGGATTGCGA‑TCTGCTTCACGGGCAGGGGTGGGGAAgggt > 2:609905/1‑237 (MQ=255) 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tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCCGGCCAATAAGACAGGCGGAGAACTGCCTGCCCCGCCCACGCCCCGCCCACAGGGGAGGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCCTGTTGTGGAGAGGTGTATGGCGCTGGATGGATTGTCA‑TCACCTTCACGGACCGGGCTGGGGAAGGTGGCCGGtttac > 2:1000741/1‑235 (MQ=255) tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTc > 1:842616/1‑205 (MQ=255) tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTc < 2:842616/205‑1 (MQ=255) tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGATGGTTTCCTGGTCGCGTGGTGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCCCGTCCAGGTCTGGGTAAGGGGTCCGGGttct > 1:288520/1‑237 (MQ=255) 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TGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGA > NC_000913/1513542‑1514012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |