| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,947,831 | 0 | T | G | 14.6% | 211.8 / 3.1 | 84 | N46T (AAC→ACC) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/63); new base G (12/2); total (19/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTG‑AAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCAC‑TGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTT‑CCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCG‑CAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAA > NC_000913/3947594‑3948066 | gcTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGGGG‑AAAAGGt > 2:439485/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |