| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,421,192 | A→G | 16.4% | S405G (AGT→GGT) | ulaA → | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,421,192 | 0 | A | G | 16.4% | 142.3 / 2.5 | 65 | S405G (AGT→GGT) | ulaA | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC permease component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/14); new base G (2/10); total (41/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGATGGGCATGGCGGACTGGTCGATTC‑TGGCA‑CCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGGCTGTGTGTGGCA > NC_000913/4420954‑4421423 | catggttgggggCTGTATGTGGGTGACCATCGGGTGACTGATTGCGGTTGGCTGCCTGGTCGCCTGCGTCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGTCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGa < 2:616711/231‑1 (MQ=255)cGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGa < 1:790346/239‑1 (MQ=255)cGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGa < 1:516092/239‑1 (MQ=255) ggTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGGTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGGATGAggg > 1:1099749/1‑237 (MQ=255) ggggCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTgg < 2:809147/239‑1 (MQ=255) ggCTTTATGTGGGGCACCATCGGGCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTGCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGa < 1:746507/238‑1 (MQ=255) cTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGATgg > 1:908639/1‑239 (MQ=255) cTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGGGCCTGGGTgg > 1:549657/1‑239 (MQ=255) tATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGGAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGGAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGGTGGGCa > 1:446796/1‑239 (MQ=255) gggCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCTCTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGATGGGCATGGCg < 1:947706/238‑1 (MQ=255) 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CGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTC‑GCTAACCACTTCGGCGGCTGGCGTGCGGCGCTGAAGATTTGTCTGGTGATGGGGATGATCGAAATCTTT‑GGTTGCGTCTGGGCGGTGAAACTCACCGGTATGAGTGCCTGGATGGGCATGGCGGACTGGTCGATTC‑TGGCA‑CCGCCGATGATGCAAGGCTTCTTCTCCATCGGTATCGCCTTTATGGCCGTCATCATTGTAATTGCACTGGCTTATATGTTCTTCGCTGGCCGCGCGCTGCGCGCAGAAGAAGATGCAGAAAAACAACTGGCAGAACAGTCTGCTTAATAAGGAGTTTTGATTATGACCGTACGTATTCTGGCTGTGTGTGGCA > NC_000913/4420954‑4421423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |