| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,978,862 | A→C | 10.2% | T88P (ACC→CCC) | wzyE → | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,978,862 | 0 | A | C | 10.2% | 367.4 / 2.4 | 137 | T88P (ACC→CCC) | wzyE | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/54); new base C (2/16); total (67/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGCTTCTTTTACTTTTTCATC > NC_000913/3978625‑3979098 | tttgttGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCCTGTTGCAGGCGTTTTTTTCTGCGGTCTGGTTCTCCGCGGTTTACTATGTCTCCt > 2:1021948/1‑238 (MQ=255) tgtCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACTTGGTTGGATTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTTTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCGGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACaaaa < 2:231852/239‑1 (MQ=255) tgtCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACaaaa < 2:640151/239‑1 (MQ=255) tCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAAc > 1:741005/1‑238 (MQ=255) 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ggCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCg > 1:1181670/1‑238 (MQ=255) ctGCACGCTGTTTATTCCCACGCTGACCTGGTTTTAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTTACCAGTGTGCTGGTTTTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGGGCCGCCCGCACTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGAGCTGCTTCTACGCGTGTTACTCTGTTCCCTACAAACTCCGCCTACGc > 2:644579/1‑238 (MQ=255) gCACGCTGTTTGTTGCCACGCTGACCTTGTTTGATTTTCGCCGTGTGCGTTTTAACTTCAATTTCTTCTTTTCATTCCTGTTTTTGCTCACTTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTACCCAGCGTTCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAATTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCaaa < 2:761264/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |