| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,145,065 | A→C | 11.9% | L357F (TTA→TTC) | pflD → | putative glycine radical domain‑containing pyruvate formate‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,145,065 | 0 | A | C | 11.9% | 350.0 / 3.2 | 130 | L357F (TTA→TTC) | pflD | putative glycine radical domain‑containing pyruvate formate‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/42); new base C (2/19); total (69/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.76e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CTATCAGACATCATTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAA‑GCGTGCAATTACCGCA‑ACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGCTTGCATGACATCGCG > NC_000913/4144831‑4145299 | cTATCAGACATCATTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGCTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAC‑GCGTGCAATTCCCg > 2:255279/1‑238 (MQ=255) cAGACATCATTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAA‑GCGTGCAATTACCGCA‑Acc < 1:168194/239‑1 (MQ=255) aGACATCATTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTGCTGAAACAACTGCGCGCATCTTTATGTGTGAAATGCAACGACGTCGTGCTGTTGCGATCCAGCAGTAGCTCGCGTGATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCGCTGCTCGGCGGGTTAACCGATAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAA‑GCGTGCAATTACCGCA‑Acc < 2:454694/238‑1 (MQ=255) atcatTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAA‑GCGTGCAATTACCGCA‑ACCGAAcc < 1:1082109/239‑1 (MQ=255) 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gggCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAA‑GCGTGCAATTACCGCA‑ACCGAACCTCGGCGTgcgc > 1:631882/1‑238 (MQ=255) gggCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCCCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAA‑GCGTGCAATTACCGCA‑ACCGAACCTCGGCGTgcgc > 1:881127/1‑238 (MQ=255) ggCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAA‑GCGTGCAATTACCGCA‑ACCGAACCTCGGCGTgcgc > 1:613643/1‑237 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |