Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,766,527 | C→T | 6.8% | S64F (TCT→TTT) | yibA → | putative immunity protein for polymorphic toxin RhsA; HEAT‑domain protein; lethality reduction protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,766,527 | 0 | C | T | 6.8% | 192.7 / 4.2 | 59 | S64F (TCT→TTT) | yibA | putative immunity protein for polymorphic toxin RhsA; HEAT‑domain protein; lethality reduction protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/30); new base T (2/2); total (27/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
AGTGCTAAAGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCTTTTGATAAATCGACTAATGTCAGACGTGCTACAGCATTTGCT > NC_000913/3766239‑3766789 | aGTGCTAAAGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGAT‑‑CAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTg > 1:449353/1‑289 (MQ=255) gTGCTAAAGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGctct > 2:61417/1‑289 (MQ=255) tAAAGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATa < 1:867559/289‑1 (MQ=255) aaGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATaaa > 1:248807/1‑289 (MQ=255) gCAAAAAGCACACAGAAATCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGAT‑AAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGTGTTGGGCAATACGCTGTTAGATTGGACATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATtat > 2:262713/1‑289 (MQ=255) acacaGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGt < 2:631869/287‑1 (MQ=255) cTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCgg < 2:318306/287‑1 (MQ=255) aaTTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGAT‑AAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCAtt < 1:262713/288‑1 (MQ=255) cgtcACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACt < 1:42232/289‑1 (MQ=255) aaaaaaGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAACAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCaaaaca > 2:612374/1‑287 (MQ=255) aaaaaaGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATtat > 2:170428/1‑235 (MQ=255) aaaaaaGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATtat < 1:170428/235‑1 (MQ=255) cccTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATaa > 1:451750/1‑289 (MQ=40) aGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTa < 1:666898/288‑1 (MQ=38) gTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTag < 2:670400/221‑1 (MQ=39) gTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTag > 1:670400/1‑221 (MQ=39) tCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATAtt < 1:387378/289‑1 (MQ=38) cAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAata < 2:114321/288‑1 (MQ=38) tacatacCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCa < 1:851057/289‑1 (MQ=38) acCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGaa > 2:171964/1‑274 (MQ=38) acCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGaa < 1:171964/274‑1 (MQ=38) agGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAACAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGa < 2:500507/276‑1 (MQ=38) agGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAACAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGa > 1:500507/1‑276 (MQ=38) agGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTAAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTg < 1:830553/260‑1 (MQ=39) agGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTAAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTg > 2:830553/1‑260 (MQ=39) aGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGAT‑‑CAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGtt < 2:449353/289‑1 (MQ=255) tATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCt > 1:647683/1‑288 (MQ=39) aTGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTa < 1:722718/288‑1 (MQ=39) ggTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACg > 2:4752/1‑288 (MQ=39) ataATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTg < 2:30559/251‑1 (MQ=39) ataATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTg > 1:30559/1‑251 (MQ=39) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATa < 2:440029/143‑1 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATa > 1:440029/1‑143 (MQ=255) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTg > 1:152512/1‑247 (MQ=39) tCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTg < 2:152512/247‑1 (MQ=39) aaaTGATGATGAAGTATTTCGCTTACGTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTTTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCGTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGc < 2:692796/289‑1 (MQ=255) atgaATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAACAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTTTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGacaa > 1:692796/1‑288 (MQ=255) tgaATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAAc < 1:4752/289‑1 (MQ=255) tCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGAGTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGGGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTAt < 1:124337/289‑1 (MQ=255) cTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATAtt < 2:626969/193‑1 (MQ=40) cTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATAtt > 1:626969/1‑193 (MQ=40) gatgatCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTaaaa < 2:451750/289‑1 (MQ=255) cacaATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTTTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGa < 2:750109/120‑1 (MQ=255) cacaATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTTTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGa > 1:750109/1‑120 (MQ=255) cacaATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCACTGACGTTCGAGCTACGGACATCGACTCACCGGCACAGCGAAGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAAtagtcg > 2:772066/1‑287 (MQ=17) aGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTa < 1:61417/289‑1 (MQ=255) aTTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCTTTTGATAAATCGACt < 2:248807/289‑1 (MQ=255) aaGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGTTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCTTTTGATAAATCGACTAATGTCAg > 1:572682/1‑288 (MQ=255) aaGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATg > 1:770982/1‑210 (MQ=255) aaGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATg < 2:770982/210‑1 (MQ=255) aaGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCTTTTGATAAATCGAc > 2:827001/1‑279 (MQ=255) aaGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCTTTTGATAAATCGAc < 1:827001/279‑1 (MQ=255) ggCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCt < 2:97847/257‑1 (MQ=255) ggCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCTTTTGATAAATCGACTAATGTCAGACGTGCTAc > 2:64466/1‑289 (MQ=255) ggCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATAGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCt > 1:97847/1‑257 (MQ=255) gACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCg > 2:738179/1‑103 (MQ=255) gACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCg < 1:738179/103‑1 (MQ=255) tGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCaa > 1:158862/1‑179 (MQ=39) tGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCaa < 2:158862/179‑1 (MQ=39) tGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCTTTTGATAAATCGACTAATGTCAGACGTGCTACAGCATTTGCt > 1:521384/1‑289 (MQ=255) | AGTGCTAAAGATGCAAAAAGCACACAGAAAGCCTGGAATTGTCGTCACTCCAGACAGTCAAACGATAAAAAAAGATAGCCCTTGTGGAGGTTCCTGCAATGTCAAATACATACCAGAAAAGAAAGGCAAGTAAAGAGTATGGTTTATATAATCAATGTAAGAAACTAAATGATGATGAATTATTTCGCTTACTTGATGATCACAATTCCTTGAAAAGGATTTCATCTGCCAGAGTATTACAGTTAAGAGGTGGGCAAGACGCTGTTAGATTGGCAATTGAGTTCTGCTCTGATAAAAATTATATCCGTAGAGATATCGGAGCATTTATACTCGGGCAAATAAAAATTTGCAAAAAATGCGAAGATAATGTTTTTAATATTTTGAACAATATGGCATTGAATGATAAGAGCGCTTGCGTTCGAGCTACGGCAATCGAGTCAACGGCTCAGCGATGCAAGAAAAACCCAATTTATTCACCTAAAATAGTAGAACAATCTCAAATTACTGCTTTTGATAAATCGACTAATGTCAGACGTGCTACAGCATTTGCT > NC_000913/3766239‑3766789 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |