| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1738840 | 130 (1.360) | 3 (0.030) | 3/498 | NT | 2.9% | coding (997/1026 nt) | purR | transcriptional repressor, hypoxanthine‑binding |
| ? | NC_000913 | = 1739666 | 72 (0.770) | coding (133/933 nt) | ydhB | LysR family putative transcriptional regulator | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGTTAACGCAGGCGACATATCATTTTGCTGCCATGTCAGACAACATGCCGAATCCGGAAAGGGGTTTTCCAGTTCTAATGCTACCCACTTCCCCTCATTAAGCCACGGTTTGGCGAAATGTGTTGGCACCATCCCTATGCATAATCCTGCCGAGATACAGGTTGCCGATGATTCC > NC_000913/1738557‑1739127 | tCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGc < 2:454841/289‑1 (MQ=255) gTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATAGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGCCAACAAACGTTAAGAACCGACGT‑CCTTTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACTCCGCCTCGTGGCTGACGGCCCGTccccccgct > 2:494836/1‑283 (MQ=255) tcttctGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTTCATCCGCCCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGGTCCGctacta > 2:661707/1‑289 (MQ=255) tcttctGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTa > 1:886323/1‑289 (MQ=255) tcttctGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCAGTGGCTGCAGGCCCGTTCCCCCACTa > 2:759607/1‑289 (MQ=255) ctGTTGTGGCGATATCATGGCAGTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGCAATTGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTAtcgt < 1:646262/289‑1 (MQ=255) tggtggCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAATTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCCCCGGGGCTCACGGCCCGTTCCCCGCCTCTcgtcgt > 2:466284/1‑289 (MQ=255) tggCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTaa > 2:546756/1‑289 (MQ=255) atCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCg < 1:27708/289‑1 (MQ=255) tCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGt < 1:58515/289‑1 (MQ=255) aTGGGCGCACTTTGTGCTGCTAATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTTAATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGa > 1:233528/1‑289 (MQ=255) tGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGt < 1:246193/289‑1 (MQ=255) tttGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCgg < 2:75426/289‑1 (MQ=255) gtgCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCt > 2:107064/1‑288 (MQ=255) gtgCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCt > 2:497402/1‑288 (MQ=255) ctgATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGACGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCTCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGCCTATCCTCGTTAATCCACCGTTGCGGGAGTTCCTTCCGGCCCCCGcc > 2:518810/1‑287 (MQ=255) ctgATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGt > 1:486933/1‑271 (MQ=255) ctgATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTcc < 2:198926/278‑1 (MQ=255) ctgATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCCCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTCTCGTCGTTAATCCCCCCTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCCCCCGCa > 2:745322/1‑288 (MQ=255) gatgaAATGGGCCTGGGCGTCCCGCAGGATGGTTCGCTGATCGGTG‑ATGATAACGTGCGAAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGcc < 2:852099/289‑1 (MQ=255) gatgaAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGcc < 1:70236/289‑1 (MQ=255) gatgaAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGcc < 1:107064/289‑1 (MQ=255) gatgaAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGc < 2:70113/288‑1 (MQ=255) aatgaAATGGGCCGTCCGTTCCCGCAGAATGTTTCGCTGATCTGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTAGTTGACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACATCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAGGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGcc < 2:244096/288‑1 (MQ=255) gggCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTa > 1:241628/1‑289 (MQ=255) 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aTGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCg < 1:771587/287‑1 (MQ=255) ttCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCgaga > 1:710961/1‑289 (MQ=255) t‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAAc < 1:497402/288‑1 (MQ=255) 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tggcggtgccgctctttgaacgacggcaccgtgatgtggagctgaccgctgctggagcgtggtttctcaaagaagggcgctctgttgtcaaaaaaatgcagatcacccgccagcaatgtcagcagatagcgaacggctggcgcggtcagttagctatcgcagtggataatattgtcaggccagaacgtacacggcagatgatcgttgatttttatcgccattttgatgatgtcgaacttcttgtctttcaggaagtgttcaacggtgtctgggatgcgctttccgacgg < 1:627496‑M1/289‑288 (MQ=255) | TCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTGATCGGTT‑ATGATAACGTGCGCAACGCGCGCTATTTTACGCCGGCGCTGACCACGATCCATCAGCCAAAAGATTCGCT‑GGGTGAAACAGCGTTCAACATGCTGTTGGATCGTATCGTCAACAAACGTGAAGAACCGCAGT‑CTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGTTAACGCAGGCGACATATCATTTTGCTGCCATGTCAGACAACATGCCGAATCCGGAAAGGGGTTTTCCAGTTCTAATGCTACCCACTTCCCCTCATTAAGCCACGGTTTGGCGAAATGTGTTGGCACCATCCCTATGCATAATCCTGCCGAGATACAGGTTGCCGATGATTCC > NC_000913/1738557‑1739127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |