| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1709889 | 75 (1.400) | 4 (0.080) | 4/496 | NT | 5.8% | coding (748/1059 nt) | rsxD | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane protein of electron transport complex |
| ? | NC_000913 | = 1710391 | 56 (1.060) | coding (188/621 nt) | rsxG | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane protein of electron transport complex | |||||
GTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATCTGCTGTCTGGAGCGACCATGCTCGGCGCATTCTTTATTTTGACTGACCCGGTTACCGCTTCTACGACCAATCGTGGTCGTCTTATTTTCGGCGCGCTTGCGGGCTTATTAGTCTGGTTGATCCGCAGTTTCGGCGGCTATCCTGACGGCGTGGCTTTTGCCGTCCTGCTGGCGAACATCACGGTTCCTCTGATCGATTACTACACGCGTCC > NC_000913/1709602‑1710172 | gTTTTATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGt > 2:162565/1‑289 (MQ=255) tATCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACg < 2:172097/289‑1 (MQ=255) tCGACGCCATCCAGGTTATTTTTAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGCTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCt < 2:374782/289‑1 (MQ=255) ttttAGCGGTCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTAGGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCTTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTg > 2:342762/1‑289 (MQ=255) gttCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTGGGTATCGAGGGCATTAGTCAGGCGACACCACTGGATACATGTAAAACCTCTGTCCGAGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATGCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTgg < 2:233926/286‑1 (MQ=255) tCATACCGCCAGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGgttg > 1:160795/1‑289 (MQ=255) aGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATgcg > 1:247619/1‑262 (MQ=255) aGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATgcg < 2:247619/262‑1 (MQ=255) aGTGGTGGTGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAg > 2:50478/1‑289 (MQ=255) ggtgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGtt < 1:505241/251‑1 (MQ=255) ggtgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGtt > 2:505241/1‑251 (MQ=255) gAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGgcagc > 1:253608/1‑288 (MQ=255) aaCACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTCGTAACGCTGGCGTTATGCGCACTGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAACCCCCGgcagaa > 2:1171/1‑286 (MQ=255) acTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATgcg > 1:77735/1‑242 (MQ=255) acTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATgcg < 2:77735/242‑1 (MQ=255) tACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCCCCGCAAAt > 1:309841/1‑289 (MQ=255) tAGGGATTGTTGGCATTAGCCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGGCATTCGGTTGAACAGATTAGGCAATATCCGATCTACTGCGGTATTCGGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATct < 2:309841/289‑1 (MQ=255) ggTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCa < 1:402452/278‑1 (MQ=255) ggTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCa > 2:402452/1‑278 (MQ=255) cacCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATCTGCTGTCTGGAGCGACCATGCTCGgcgc < 2:86390/289‑1 (MQ=255) acCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCTCTCAGCTTCTTAGTAACGCTTGCGTTATGCGCAATGTTGCGCTGGTTGTTCTCGCCAGCAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATCTGCTGTCTGGAGAGACCATGCGCGgtgcc > 2:7184/1‑288 (MQ=255) gCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATGCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATCTGCTGTCTGGAGCGACCATGCTCGGCGCATTc < 1:181360/289‑1 (MQ=255) 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aaaCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCa > 2:327660/1‑235 (MQ=255) aaaCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCa < 1:327660/235‑1 (MQ=255) aaaCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATCTGCTGTCTGGAGCGACCATGCTCGGCGCATTCTTTATTTtgactg > 1:173210/1‑288 (MQ=255) 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(MQ=255) ctggctggcGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATCTGCTGTCTGGAGCGACCATGCTCGGCGCATTCTTTATTTTGACTGACCCGGTTACCGCTTCTACGACCAATCGTGGTCGTCTTATTTTCGGCGCGCTTGCGGGCTTATTAGTCTGGTTGATCCGCAGTTTCGGCGGCTATCCTGACGGCg > 1:478445/1‑289 (MQ=255) cgggctggcGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTAGGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATCTGCTGTCTGGAGCGACCATGCTCGGCGCATTCTTTATTTTGACTGACCCGGTTACCGCTTCTACGACCAATCGTGGTCGTCTTATTTTCGGCGCGCTTGCGGGCTTATTAGTCTGGTTGATCCGCAGTTTCGGCGGCTATCCTGACGGc < 2:160795/286‑1 (MQ=255) ctggcGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTTGGCTGGTTGTTCTCACCAGCAACACTGGCAGCACCGCAAATTCATCTGCTGTCTGGAGCGACCATGCTCGGCGCATTCTTTATTTTGACTGACCCGGTTACGGCTCCTACGACCAATCGTGGTCGTCTTATTTTCGGCCCGCCTGCGGTCTTATGAGTCTGGTTGCTCTGCAGTTTCGGCGGCTACTCTGACgcggtg > 2:470589/1‑282 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |