| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009273 | = 2369314 | 2 (0.020) | 120 (0.970) | 75/392 | 0.4 | 98.4% | coding (128/963 nt) | menC | O‑succinylbenzoyl‑CoA synthase |
| ? | CP009273 | 2507756 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase | |||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CTCTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGT > CP009273/2507523‑2507988 | ctGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 2:222681/239‑1 (MQ=255) cTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGGAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGAATACTTCCCAt > 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catcatCTCTGTGTGCCTGGTTTCCTTAGCTAACTTCTCTTCAATCCGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGTTGAGTGTGCTGTCTGCGGCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTaa < 2:615740/229‑1 (MQ=255) atcgtcTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgcgc < 1:966481/220‑1 (MQ=255) tcatcTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt > 1:1317911/1‑240 (MQ=255) 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1:570420/1‑240 (MQ=255) gTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGAtgctg < 1:925471/238‑1 (MQ=255) gCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCTCTAACTTAAGGGTtg < 1:573538/81‑1 (MQ=255) gCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg > 1:1477584/1‑76 (MQ=255) gCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 2:1477584/76‑1 (MQ=255) gCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAAct > 1:814498/1‑239 (MQ=255) 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ggATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCgggggg < 1:1398331/227‑1 (MQ=32) aTAGTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGGATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAGTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCCCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAAc < 1:547659/188‑1 (MQ=9) aaTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGt < 1:869292/240‑1 (MQ=31) | CTCTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGT > CP009273/2507523‑2507988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |