| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,643,292 | 0 | A | C | 20.9% | 210.7 / 11.2 | 92 | G785G (GGT→GGG) | yfhM | bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM; anti‑host protease defense factor; periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/25); new base C (0/19); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.76e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTTCCAGCGCCAGATCGAGGCGACGGTTTTCATCGCCAAGCGGCAGATGCAACACACCAACCGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGATAAGCGCCCCACTCTACCGGAAAACTGACCTTGCC > CP009273/2643053‑2643519 | gtTTCCAGCGCCAGATCGAGGCGACGGTTTTCATCGCCAAGCGGCAGATGCAACACACCAACCGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATaa > 1:430503/1‑240 (MQ=255) aTCGCCAAGCGGCAGATGCAACACACCAACCGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTg > 2:682107/1‑224 (MQ=255) ccAACCGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TCCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAGCCTTTACCCGCCGTTGGCgcggcg < 1:1256512/207‑1 (MQ=255) cAACCGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGc > 2:433354/1‑228 (MQ=255) aCCGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGCTAACt > 1:169000/1‑239 (MQ=255) aCCGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACt > 1:522922/1‑239 (MQ=255) ccGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATCACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGatat > 1:223069/1‑207 (MQ=255) ccGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATg > 2:1185287/1‑218 (MQ=255) ccGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTgg > 1:1136439/1‑240 (MQ=255) ccGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGAATCGACCCTCGCCTAACCTTTACCCGCCGTTg > 1:297290/1‑195 (MQ=255) gcgcgTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGt > 2:706429/1‑191 (MQ=255) gcgcgTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGatat > 2:291463/1‑205 (MQ=255) ttttGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGCCCGAAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc < 1:989504/240‑1 (MQ=255) ttttGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACGGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc < 1:353567/240‑1 (MQ=255) cgGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGc > 2:334639/1‑239 (MQ=255) gagaTTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATCCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCCCTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATg < 2:178110/184‑1 (MQ=255) tACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGcgcc > 1:1137651/1‑240 (MQ=255) accaccAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggt > 2:1273830/1‑228 (MQ=255) accaccAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGcgccg > 1:1440763/1‑240 (MQ=255) ccaGCGTACTTAAAGACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGACCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TCCCACCACAGCGGCCCTTCACGGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATg < 1:320736/160‑1 (MQ=255) aGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggtc > 1:689040/1‑223 (MQ=255) gCGTACTTAAATACAGATCATGACGATCCCAGGTTGTATCGACCGGATTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAGTCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTgg > 1:618055/1‑145 (MQ=255) cGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCTCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACCGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGgagc > 2:1134508/1‑147 (MQ=255) aCTTAAATAAAGATCATGACGATTCCAGGTTTTACCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTAcc < 2:1161711/132‑1 (MQ=255) aCTAAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGACCCAGCCCTTGAGCCCGACCATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGAACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTa < 2:890354/160‑1 (MQ=255) cTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCt > 1:400784/1‑239 (MQ=255) tACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAAc > 1:485339/1‑175 (MQ=255) tACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACGGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAAc < 2:485339/175‑1 (MQ=255) aTCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACTATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATGACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTTTCCTGc > 2:655116/1‑238 (MQ=255) aTCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcggg > 2:1215533/1‑204 (MQ=255) aTCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGcgccg > 1:274077/1‑217 (MQ=255) aTCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGcc > 2:937365/1‑239 (MQ=255) aTCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGcc > 1:1359663/1‑239 (MQ=255) aTCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGcc > 1:1385112/1‑239 (MQ=255) aTGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGCCTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTTAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTgcg > 1:1250018/1‑211 (MQ=255) aTGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTa < 2:1369447/145‑1 (MQ=255) aTGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCt > 1:1036429/1‑240 (MQ=255) aTGACGATTCCAGGTCTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGatat > 2:618283/1‑137 (MQ=255) tGACGATTCCAGGTTTGACCACCCGGAATCGTCAAATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCG‑TGCCACCACAGCGGCCCTGCACTGGACTCTACCATCTCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGa < 1:405570/190‑1 (MQ=255) aCGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCgcggcg < 2:536625/130‑1 (MQ=255) gATTCCAGGTTTTATCGCCCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTGGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTg < 1:280928/204‑1 (MQ=255) ttCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTAGGGTCGCa > 2:207143/1‑199 (MQ=255) ccGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGCGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACGGCGGCCCTTCACTGGACCCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGgt < 1:1110777/127‑1 (MQ=255) cGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAaca > 1:526178/1‑238 (MQ=255) gAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGCCACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACactac > 1:264127/1‑240 (MQ=255) cAGATCCAGCCCTTGAGCCGGAACATCAATCTCT‑TGCCACCCCAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTg < 1:33175/176‑1 (MQ=255) 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cccTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCtata > 2:400999/1‑201 (MQ=255) cccGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACgg < 1:1328988/146‑1 (MQ=255) cGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATg < 1:827939/86‑1 (MQ=255) cGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCCGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCa > 1:589955/1‑185 (MQ=255) aTCACTCTCT‑TGCCACCACATCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCACACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGc < 1:952526/130‑1 (MQ=255) cAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGCCCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGc < 1:433354/176‑1 (MQ=255) cAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGaa < 1:400999/201‑1 (MQ=255) aTCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGa > 2:356697/1‑240 (MQ=255) ctct‑TGCCACCCCAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCt < 1:877162/170‑1 (MQ=255) ccct‑TGCCACCACAGCGCCCTTCCATTGCACTCGCCCGACGCATACCCTTTCCCCGCCGTTGGCGCGGCGCTATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc < 2:851199/112‑1 (MQ=255) ct‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGATaa < 1:309408/239‑1 (MQ=255) t‑tGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGCCTTTATCCAGTTTCAGCGTTACACGGTCGGGTCGCACTGCTCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAg > 2:1332698/1‑172 (MQ=255) cacaGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCAAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGgc > 1:960835/1‑210 (MQ=255) cgccccTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGc < 1:1429737/192‑1 (MQ=255) cGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGc < 2:908615/157‑1 (MQ=255) ggCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATg < 2:316298/59‑1 (MQ=255) ggCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGcc < 1:1220645/77‑1 (MQ=255) ggCCCTTCACGGGACTCGACCACCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAAc < 1:1471909/88‑1 (MQ=255) gCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGATAAGCGCCCCACTCTAcc > 1:540106/1‑239 (MQ=255) cACGGGACTGGACCATCGCATAACCTTGACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATcc < 1:304089/92‑1 (MQ=255) acgggACTCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCt < 2:1087730/184‑1 (MQ=255) ggACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGaa < 1:877361/170‑1 (MQ=255) ggACGCGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGc < 2:521844/145‑1 (MQ=255) gACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGATAAGCGCCCCACTCTACCGGAAAACTGAcc > 1:595716/1‑240 (MQ=255) aCTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCgcggc > 2:994451/1‑40 (MQ=255) cTCGACCCTGCCATACCCTTGACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGc < 2:605281/142‑1 (MQ=255) tCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGATAAGCGCCCCACTCTACCGGAAAACTGACCtt > 1:411497/1‑239 (MQ=255) cGACCATCGCATACCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATg < 2:65544/43‑1 (MQ=255) gACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGATAAGCGCCCCACTCTACCGGAAAACTGACCTTGcc > 1:1419745/1‑240 (MQ=255) 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caaTCCCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGaa < 2:712555/160‑1 (MQ=255) tCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGgt > 2:761393/1‑49 (MQ=255) tCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGc > 2:1314495/1‑60 (MQ=255) tCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGaa > 2:1263608/1‑159 (MQ=255) tCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGaa < 1:1263608/159‑1 (MQ=255) tCGCATAACCTTAACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGgt < 1:761393/49‑1 (MQ=255) 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aaCCTTTCCCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGc < 2:1189588/128‑1 (MQ=255) aaCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTc < 1:405381/187‑1 (MQ=255) | GTTTCCAGCGCCAGATCGAGGCGACGGTTTTCATCGCCAAGCGGCAGATGCAACACACCAACCGCGCGTTTTGGCGTCGCGGAGCGAGATTTATCGCCAGGACGTACCACCAGCGTACTTAAATACAGATCATGACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCT‑TGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGATAAGCGCCCCACTCTACCGGAAAACTGACCTTGCC > CP009273/2643053‑2643519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |