New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP025533 | 1044913 = | 4 (0.020) | 177 (1.020) | 145/494 | 0.0 | 66.0% | intergenic (+336/+114) | CYL77_05015/CYL77_05020 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | CP025533 | 2793967 = | 178 (1.030) | intergenic (‑388/+10) | CYL77_13260/CYL77_13265 | LysR family transcriptional regulator/diaminopimelate dehydrogenase |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CGCATCGTAACCGCTGCAAATGGTCAAGAGACCGAAACCGAAGATATTGAGGTGAAGCTTTCCTTCCCCACCGAGTCTTCCCAAGGCCTAGTGTTCACTCAGGTCACCGTCGATGGACAGGTTCTCTTCCTCTAATCCTCCATAATTAGAGAGCGTAAGGCCCCTACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP025533/1045161‑1044913 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTTGAAGCCACCGGTGTCGCCGGTGGTAATCACGTGGCCACCGTGTGG > CP025533/2793967‑2794213 GCATCGTAACCGCTGCAAATGGTCAAGAGACCGAAACCGAAGATATTGAGGTGAAGCTTTCCTTCCCCACCGAGTCTTCCCAAGGCCTAGTGTTCACTCAGGTCACCGTCGATGGACAGGTTCTCTTCCTCTAATCCTCCATAATTAGAGAGCGTAAGGCCCCTACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCT > 2:1048268/1‑249 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AGATATTGAGGTGAAGCTTTCCTTCCCCACCGAGTCTTCCCAAGGCCTAGTGTTCACTCAGGTCACCGTCGATGGACAGGTTCTCTTCCTCTAATCCTCCATAATTAGAGAGCGTAAGGCCCCTACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAG < 1:1060860/249‑1 GAGGTGAAGCTTTCCTTCCCCACCGAGTCTTCCCAAGGCCTAGTGTTCACTCAGGTCACCGTCGATGGACAGGTTCTCTTCCTCTAATCCTCCATAATTAGAGAGCGTAAGGCCCCTACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTG < 1:355018/249‑1 AGGTGAAGCTTTCCTTCCCCACCGAGTCTTCCCAAGGCCTAGTGTTCACTCAGGTCACCGTCGATGGACAGGTTCTCTTCCTCTAATCCTCCATAATTAGAGAGCGTAAGGCCCCTACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGG > 1:643463/1‑249 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTTGAAGCCACCGGTGTCGCCGGTGGTAATCACGTGGCCACCGTGTGG > CP025533/2793967‑2794213 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |