New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP025533 | 1329802 = | 160 (0.920) | 188 (1.140) +GGATCCCCGATC |
152/472 | 0.0 | 57.3% | coding (910/1086 nt) | CYL77_06375 | oxidoreductase |
? | CP025533 | = 1330852 | 135 (0.780) | coding (106/873 nt) | CYL77_06385 | lysine export transcriptional regulatory protein LysG |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
CCAGTACATTCTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCGGCCAAAGCAACCGAAGCGGGTGAAGTCCTTGTGCAAGCAGCGCGGAAAATGGTGTTGCTGCAAGCAGAAACTAAAGCGCAACTATCTGGACGCCTTGCTGAAATCCCGTTAACCATCGCCATCAACGCAGATTCGCTATCCACATGGTTTCCTCCCGTGTTCAACGAGGTAGCTTCTTGGGGTGGAGCAACGCT > CP025533/1330604‑1331099 | cAGTGCATTCTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGg < 2:727159‑M2/249‑2 (MQ=255) cATTCTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAg < 1:1094470/249‑1 (MQ=255) nngCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCTATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGctct < 1:1284118/247‑1 (MQ=255) cTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGctct > 1:158725/1‑249 (MQ=255) cGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtg > 1:768808‑M2/1‑231 (MQ=255) gATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCa > 1:1340376/1‑249 (MQ=255) atcgACAGGAAAAGACTGGCCTCCAAGAGCGGTCCTGTAATCAAGATGTCCATGTCTACCAACGTTACCTGTCGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCTATCATTGATGAAGGCATCTTCGAAGGCGCCTCGTCAGCCCTTTCCATTTGCCCCGCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGTTCTCGAGCAGCAc < 2:1107860/246‑1 (MQ=255) aTGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgac < 1:1035549‑M2/249‑21 (MQ=255) aTGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgac < 1:371660‑M2/249‑21 (MQ=255) cAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtg > 1:674644‑M2/1‑224 (MQ=255) 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gCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGAGGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgc > 1:1463282‑M2/1‑211 (MQ=255) ccccAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATc > 2:419040/1‑249 (MQ=255) aGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagt > 2:399231‑M2/1‑202 (MQ=255) aGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttga > 1:1014396‑M2/1‑199 (MQ=255) cTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttgagcag < 2:858819‑M2/249‑55 (MQ=255) cTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCgg > 1:259059/1‑249 (MQ=255) aaGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATAGCGCACCCAACCGGCCAAAGCa > 1:1494469/1‑249 (MQ=255) gATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcatggattggtgcttcgtcagttgagcagctggacaacn < 2:1426774‑M2/249‑65 (MQ=255) gATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCGGCCAAAGCAAc > 1:461465/1‑249 (MQ=255) 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tCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCGGCCAAAGCAACCGAAGCGGGTg < 2:531374/249‑1 (MQ=255) cACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttgagcagctggacaacagccttgattcac < 1:175016‑M2/249‑77 (MQ=255) aCCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtacattgattggtgcttcgtcagttgagcagctggacaacagccttgattcact > 2:896632‑M2/1‑172 (MQ=255) 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aCTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttgagcagctggacaacagccttgattcactcaacaacttggagttttctgacgccgagttggaggcgatcgatgagatttcccacgacgccggcatcaacatttgggcga > 1:728263‑M2/1‑92 (MQ=255) tctcAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttgagcagctggacaacagcctcgattcactcaacaacttggagttttctgacgccgagttggaggcgatcgatgagatttcccacgacgccggcatcaacatttgggcgaaggccaccgattcc < 2:680342‑M2/249‑172 (MQ=255) nctcAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCGGCCAAAGCAACCGAAGCGGGTGAAGTCCTTGTGCAAGCAGCGCGGAAAATGGTGTTGCTGCAAGCAGAAACTAAAGCGCAACTATCTGGACGCCTTGCTGAAATCCCGTTAACCATCg < 2:1000711/248‑1 (MQ=255) 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ctTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttgagcagctggacaacagccttgattcactcaacaacttggagttttctgacgccgagttggaggcgatcgatgagatttcccacgacgccggcatcaacatttgggcgaaggccaccgattccaaaacccgcgaaaactaacccatcaacatcagtttga < 2:210897‑M2/249‑209 (MQ=255) tAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttgagcagctggacaacagccttgattcactcaacaacttggagttttctgacgccgagttggaggcgatcgatgagatttcccacgacgccggcatcaacatttgggcgaaggccaccgattccaaaacccgcgaaaactaacccatcaacatcagtttgatg < 1:961766‑M2/249‑211 (MQ=255) tAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttgagcagctggacaacagccttgattcactcaacaacttggagttttctgacgccgagttggaggcgatcgatgagatttcccacgacgccggcatcaacatttgggcgaaggccaccgattccaaaacccgcgaaaactaacccatcaacatcagtttgatg > 2:1258129‑M2/1‑39 (MQ=255) 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CCAGTACATTCTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGTAAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCGGCCAAAGCAACCGAAGCGGGTGAAGTCCTTGTGCAAGCAGCGCGGAAAATGGTGTTGCTGCAAGCAGAAACTAAAGCGCAACTATCTGGACGCCTTGCTGAAATCCCGTTAACCATCGCCATCAACGCAGATTCGCTATCCACATGGTTTCCTCCCGTGTTCAACGAGGTAGCTTCTTGGGGTGGAGCAACGCT > CP025533/1330604‑1331099 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |