Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP025533 | 512,869 | 2 bp→TT | intergenic (+160/‑365) | CYL77_02540 → / → CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 512,869 | 0 | G | T | 99.4% | 593.0 / NA | 156 | intergenic (+160/‑366) | CYL77_02540/CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (64/91); minor base C (1/0); total (65/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP025533 | 512,870 | 0 | C | T | 100.0% | 606.5 / NA | 156 | intergenic (+161/‑365) | CYL77_02540/CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (65/91); total (65/91) |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CGAGGGCGCAAACAAGGACGACGCTGAGGCTGCAAAGGCTAAGCTCGAAGAGGCTGGCGCAAAGGTCACCCTTAAGTAAGAACTTTCTTACACCTTTTCAAAACCCCACACCCTGGACTCGATCCAGGGGTGGGGTTTTGTGCTGTCTGGGGTGGGTTTGGGTTGGGTTTTGGGGTTTGTTGGGGTCGGCGGTGTCTTAAGTTCGATTTCACGGTAGCGGTTTCTCAACTACGGTTTCGCGGGCTCAATTTCTTAAGAGCGATTTCACTCGGTTTTTGGTGGTTTTGCGAATGGTCTCGAAGGTAAGAAATTGGATTTGAGAAATTGTATTTGAGGTATCGAACTTAAGTGGGGGAGTCCTTCGCCTCGATATGGCTGCAGCAGTCCTATTGCTCGACTTCGCGTGTGCTGACTTCTCATGCTCAACTTCTCGTCATACGACTTCAGTAGGAAATCCTGACGGCGCCGACGGAAGTCGA > CP025533/512631‑513109 || cGAGGGCGCAAACAAGGACGACGCTGAGGCTGCAAAGGCTAAGCTCGAAGAGGCTGGCGCAAAGGTCACCCTTAAGTAAGAACTTTCTTACACCTTTTCAAAACCCCACACCCTGGACTCGATCCAGGGGTGGGGTTTTGTGCTGTCTGGGGTGGGTTTGGGTTGGGTTTTGGGGTTTGTTGGGGTCGGCGGTGTCTTAAGTTCGATTTCACGGTAGCGGTTTCTCAACTACGGTTTCTTGCGCTCAAt > 2:633794/1‑249 (MQ=255) 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CGAGGGCGCAAACAAGGACGACGCTGAGGCTGCAAAGGCTAAGCTCGAAGAGGCTGGCGCAAAGGTCACCCTTAAGTAAGAACTTTCTTACACCTTTTCAAAACCCCACACCCTGGACTCGATCCAGGGGTGGGGTTTTGTGCTGTCTGGGGTGGGTTTGGGTTGGGTTTTGGGGTTTGTTGGGGTCGGCGGTGTCTTAAGTTCGATTTCACGGTAGCGGTTTCTCAACTACGGTTTCGCGGGCTCAATTTCTTAAGAGCGATTTCACTCGGTTTTTGGTGGTTTTGCGAATGGTCTCGAAGGTAAGAAATTGGATTTGAGAAATTGTATTTGAGGTATCGAACTTAAGTGGGGGAGTCCTTCGCCTCGATATGGCTGCAGCAGTCCTATTGCTCGACTTCGCGTGTGCTGACTTCTCATGCTCAACTTCTCGTCATACGACTTCAGTAGGAAATCCTGACGGCGCCGACGGAAGTCGA > CP025533/512631‑513109 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |