| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | = 2632709 | NA (NA) | 121 (0.960) | 101/494 | 0.2 | 96.0% | intergenic (‑128/‑114) | CYL77_12475/CYL77_12480 | ISL3 family transposase/hypothetical protein |
| ? | CP025533 | 2702553 = | 5 (0.040) | pseudogene (461/474 nt) | CYL77_12850 | IS630 family transposase | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GTCGAGTGCGTCTGCTTCGATCAGGGTGTAATCACCTGCATCGGAAGCGCCGGTGATGGTGAGTCCTAGTTCCGCAGTGCGGCAGATGGTGTCAGCGATGATGTTGCCGGTAGACTTCATGGGTAGAGCCTTTTGTTGGTGTTTGGTTAGCTTAGATACCTAAACCTTAACCCTGACAAAAGGCTCGTTTATTTTCGGGTCTACACCGCTAGCCCAGGTTCTGTGATGTACCCCAAAACCGGAAGGGCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP025533/2632462‑2632709‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGG > CP025533/2702553‑2702794 GTCGAGTGCGTCTGCTTCGATCAGGGTGTAATCACCTGCATCGGAAGCGCCGGTGATGGTGAGTCCTAGTTCCGCAGTGCGGCAGATGGTGTCAGCGATGATGTTGCCGGTAGACTTCATGGGTAGAGCCTTTTGTTGGTGTTTGGTTAGCTTAGATACCTAAACCTTAACCCTGACAAAAGGCTCGTTTATTTTCGGGTCTACACCGCTAGCCCAGGTTCTGTGATGTACCCCAAAACCGGAAGGGCC < 1:428101/249‑1 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TAGATACCTAAACCTTAACCCTGACAAAAGGCTCGTTTATTTTCGGGTCTACACCGCTAGCCCAGGTTCTGTGATGTACCCCAAAACCGGAAGGGCCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTCCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGG > 2:675823/1‑249 ATACCTAAACCTTAACCCTGACAAAAGGCTCGTTTATTTTCGGGTCTACACCGCTAGCCCAGGTTCTGTGATGTACCCCAAAACCGGAAGGGCCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCAAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACCCTCCGTTGATCAAAACGCTGAAGa > 2:1147340/1‑248 CTAAACCTTAACCCTGACAAAAGGCTCGTTTATTTTCGGGTCTACACCGCTAGCCCAGGTTCTGTGATGTACCCCAAAACCGGAAGGGCCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACT > 1:90272/1‑249 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CCCAAAACCGGAAGGGCCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGT < 1:413603/249‑1 CCGGAAGGGCCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCG > 1:168897/1‑249 GAAGGGCCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGG < 2:289248/249‑1 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CP025533/2632462‑2632709‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGG > CP025533/2702553‑2702794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |