| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | = 1243002 | 147 (1.160) | 146 (1.150) | 125/494 | 0.0 | 49.0% | intergenic (+4/+281) | lysA/CYL77_05975 | diaminopimelate decarboxylase/hypothetical protein |
| ? | CP025533 | = 2794955 | 157 (1.240) | intergenic (‑16/‑51) | CYL77_13265/CYL77_13270 | diaminopimelate dehydrogenase/polyhydroxybutyrate depolymerase | |||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TAAGCACCCGCATCGTGGGCTCCCACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGACCCCGCCCTTCACCTTCGCCGTGGAGGGCGGTTTTGGGTTTCTGGGTTTCTTTGCGAACTTAAGGTGTCTAGGGGTCTGCAGTCGAGGCTTCAGAGGTTTTATTGCTCGACTTCACGTGTGCTGACTTCGCGTGCTCAACTTCTCATGAGGCGACATCAGTCGAAAAGCCGGTCATTGTCGTATGAAGTCTGCGCACGAGAAGTTGAGCGGAAGAAGTCGGTGTTAAGAAGT > CP025533/1242754‑1243247 | gCACCCGCATCGTGGGCTCCCACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCtttt < 2:657813/249‑1 (MQ=255) aCCCGCATCGTGGGCTCCCACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggagg > 1:1079208‑M1/1‑244 (MQ=255) cATCGTGGGCTCCCACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattac > 2:741753‑M1/1‑239 (MQ=255) aTCGTGGGCTCCCACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCt > 2:103856/1‑249 (MQ=255) cGTGGGCTCCCACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGa > 1:292740/1‑249 (MQ=255) cTCCCACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattacaagaacatg < 2:896278‑M1/249‑20 (MQ=255) ccACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattacaagaacatgacc > 1:462615‑M1/1‑227 (MQ=255) 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cGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattacaagaacatgaccaacatccgcgtagctatcgtgggctacggaaacctgggacgcagcgtcgaaaagcttattgccaagcagcccgacatggaccttgtaggaatcttctcgcgccgggccaccctcgacacaaag < 1:812063‑M1/249‑146 (MQ=255) ntcACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattacaagaacatgaccaacatccgcgtagctatcgtgggctacggaaacctgggacgcagcgtcgaaaagcttattgccaagcagcccgacatggaccttgtaggaatcttctcgcgccgggccaccctcgacacaaagacgc < 1:1243341‑M1/248‑150 (MQ=255) gccgTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCACACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGACCCCGCCCTTCACCTTCGCCGTGGAGGGCGGTTTTGGGTTTCTGGGTTTCTTTGCGAACTTAAGGTGTCTAGGGGTCTGCAGTCGAGGCTTCAGAGGTTTTATTGCTCGACTTCACGTGTGCTGACTTCGCGTGCTCAACTTCTCATg < 1:131122/249‑1 (MQ=255) 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cGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattacaagaacatgaccaacatccgcgtagctatcgtgggctacggaaacctgggacgcagcgtcgaaaagcttattgccaagcagcccgacatggaccttgtaggaatcttctcgcgccgggccaccctcgacacaaagacgccagtctttgatgtcgccgacgtggacaagcacgccgacgacg > 2:528505‑M1/1‑58 (MQ=255) ccTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGACCCCGCCCTTCACCTTCGCCGTGGAGGGCGGTTTTGGGTTTCTGGGTTTCTTTGCGAACTTAAGGTGTCTAGGGGTCTGCAGTCGAGGCTTCAGAGGTTTTATTGCTCGACTTCACGTGTGCTGACTTCGCGTGCTCAACTTCTCATGAGGCGACATCAGTCGAAAAGCCGGTCATTGTc < 2:1059411/249‑1 (MQ=255) aTGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGACCCCGCCCTTCACCTTCGCCGTGGAGGGCGGTTTTGGGTTTCTGGGTTTCTTTGCGAACTTAAGGTGTCTAGGGGTCTGCAGTCGAGGCTTCAGAGGTTTTATTGCTCGACTTCACGTGTGCTGACTTCGCGTGCTCAACTTCTCATGAGGCGACATCAGTCGAAAAGCCGGTCATTGTCGTAt > 2:1202524/1‑249 (MQ=255) 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cgcgAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGACCCCGCCCTTCACCTTCGCCGTGGAGGGCGGTTTTGGGTTTCTGGGTTTCTTTGCGAACTTAAGGTGTCTAGGGGTCTGCAGTCGAGGCTTCAGAGGTTTTATTGCTCGACTTCACGTGTGCTGACTTCGCGTGCTCAACTTCTCATGAGGCGACATCAGTCGAAAAGCCGGTCATTGTCGTATGAAGTCTgc > 2:1068679/1‑249 (MQ=255) gcgAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGACCCCGCCCTTCACCTTCGCCGTGGAGGGCGGTTTTGGGTTTCTGGGTTTCTTTGCGAACTTAAGGTGTCTAGGGGTCTGCAGTCGAGGCTTCAGAGGTTTTATTGCTCGACTTCACGTGTGCTGACTTCGCGTGCTCAACTTCTCATGAGGCGACATCAGTCGAAAAGCCGGTCATTGTCGTATGAAGTCTgcg < 2:71360/249‑1 (MQ=255) gAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattacaagaacatgaccaacatccgcgtagctatcgtgggctacggaaacctgggacgcagcgtcgaaaagcttattgccaagcagcccgacatggaccttgtaggaatcttctcgcgccgggccaccctcgacacaaagacgccagtctttgatgtcgccgacgtggacaagcacgccgacgacgtggacgtgctgttcctgt > 1:229077‑M1/1‑40 (MQ=255) cGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattacaagaacatgaccaacatccgcgtagctatcgtgggctacggaaacctgggacgcagcgtcgaaaagcttattgccaagcagcccgacatggaccttgtaggaatcttctcgcgccgggccaccctcgacacaaagacgccagtctttgatgtcgccgacgtggacaagcacgccgacgacgtggacgtgctgttcctgtgcat < 2:435451‑M1/249‑214 (MQ=255) gCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGACCCCGCCCTTCACCTTCGCCGTGGAGGGCGGTTTTGGGTTTCTGGGTTTCTTTGCGAACTTAAGGTGTCTAGGGGTCTGCAGTCGAGGCTTCAGAGGTTTTATTGCTCGACTTCACGTGTGCTGACTTCGCGTGCTCAACTTCTCATGAGGCGACATCAGTCGAAAAGCCGGTCATTGTCGTATGAAGTCTGCGCACgaga < 1:174685/249‑1 (MQ=255) aTCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTggaggattacaagaacatgaccaacatccgcgtagctatcgtgggctacggaaacctgggacgcagcgtcgaaaagcttattgccaagcagcccgacatggaccttgtaggaatcttctcgcgccgggccaccctcgacacaaagacgccagtctttgatgtcgccgacgtggacaagcacgccgacgacgtggacgtgctgttcctgtgcatgggctccgcca > 2:1056672‑M1/1‑25 (MQ=255) 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TAAGCACCCGCATCGTGGGCTCCCACTGCGAATCCGGCGATATCCTGATCAACGATGAAATCTACCCATCTGACATCACCAGCGGCGACTTCCTTGCACTCGCAGCCACCGGCGCATACTGCTACGCCATGAGCTCCCGCTACAACGCCTTCACACGGCCCGCCGTCGTGTCCGTCCGCGCTGGCAGCTCCCGCCTCATGCTGCGCCGCGAAACGCTCGACGACATCCTCTCACTAGAGGCATAACGCTTTTCGACGCCTGACCCCGCCCTTCACCTTCGCCGTGGAGGGCGGTTTTGGGTTTCTGGGTTTCTTTGCGAACTTAAGGTGTCTAGGGGTCTGCAGTCGAGGCTTCAGAGGTTTTATTGCTCGACTTCACGTGTGCTGACTTCGCGTGCTCAACTTCTCATGAGGCGACATCAGTCGAAAAGCCGGTCATTGTCGTATGAAGTCTGCGCACGAGAAGTTGAGCGGAAGAAGTCGGTGTTAAGAAGT > CP025533/1242754‑1243247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |