| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | 272376 = | 116 (0.910) | 124 (0.980) +CT |
110/492 | 0.1 | 50.9% | intergenic (+8/‑16) | CYL77_01365/CYL77_01370 | aspartate kinase/aspartate‑semialdehyde dehydrogenase |
| ? | CP025533 | 2085498 = | 125 (0.980) | intergenic (‑47/+5) | CYL77_09945/CYL77_09950 | thymidylate synthase (FAD)/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase | |||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CCACTTCCATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGACACCTGGTGCAAATGAGTTGCGATCATAGGAGTCCTGCTTGATGGTCAAGGTCTGACCCTGGGTGCCAAAGATAACTTGCTCGTGAGCAACCATGCCGGACATGCGGACTGCATGAACCGGGATTCCATCTACGCTTGCGCCACGGGAACCCTCAAGTGCCTGCTCGGTC > CP025533/2085250‑2085746 | ccACTTCCATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGa < 1:73098/249‑1 (MQ=255) cACTTCCATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAg > 2:590215/1‑249 (MQ=255) cATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTa < 2:525234/249‑1 (MQ=255) gATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAAt > 2:389109/1‑249 (MQ=255) caacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATg > 2:182600‑M2/227‑249 (MQ=255) cacgtcgatgtccttgagggactcctccattgcctgactaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgcacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGc < 2:1164888‑M2/24‑1 (MQ=255) agcaTTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAg < 2:850792/249‑1 (MQ=255) gatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGt < 2:746722‑M2/30‑1 (MQ=255) ggAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTAc > 1:1001176/1‑249 (MQ=255) gagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACt < 1:474752‑M2/39‑1 (MQ=255) agggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGActn > 2:1196671‑M2/210‑248 (MQ=255) cGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCt < 1:740289/249‑1 (MQ=255) cGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCt > 2:141812/1‑249 (MQ=255) tcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTg > 1:774523‑M2/204‑249 (MQ=255) ttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCtg > 1:891721‑M2/197‑249 (MQ=255) cTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGc > 1:389548/1‑249 (MQ=255) gagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAAt < 1:998879‑M2/59‑1 (MQ=255) aTCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAAt < 2:14998/249‑1 (MQ=255) agtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATg > 1:1063537‑M2/190‑249 (MQ=255) cAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGt > 1:429737/1‑249 (MQ=255) gtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTgcgc > 1:916832‑M2/184‑249 (MQ=255) ttCGTAGCAGGCCCGACCCGCAAACTCGACGATTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCGTTCAACTCCACGCTCAATTTTACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGcac < 2:824199/249‑1 (MQ=255) 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cAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCAcacccacc < 1:610297/249‑1 (MQ=255) aGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACccacca > 1:309340/1‑249 (MQ=255) ttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGaca > 2:1016504‑M2/169‑249 (MQ=255) tccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGacac > 2:875144‑M2/168‑249 (MQ=255) gACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAACGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGTCTGGGTGCTGTGCCATGTTGCGCACACCCACCAAGacac > 2:526459/1‑249 (MQ=255) ccGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGACACCTg < 1:942727/249‑1 (MQ=255) cGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGACACCtcg > 1:1180184/1‑247 (MQ=255) ccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGACACCTGGTg < 2:403147‑M2/88‑1 (MQ=255) cAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGACACCTGGTg < 2:293308/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |