| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | CP025533 | 2,042,148 | 725 bp→TGTTTAAGTTTAGTGGATGG | coding (19‑743/780 nt) | CYL77_09745 → | DeoR/GlpR transcriptional regulator |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | CP025533 | 2042148 | 2042872 | 725 | 117 [0] | [0] 121 | CYL77_09745 | DeoR/GlpR transcriptional regulator |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | = 2042147 | 0 (0.000) | 107 (0.920) +TGTTTAAGTTTAGTGGATGG |
99/456 | 0.1 | 100% | coding (18/780 nt) | CYL77_09745 | DeoR/GlpR transcriptional regulator |
| ? | CP025533 | 2042873 = | 0 (0.000) | coding (744/780 nt) | CYL77_09745 | DeoR/GlpR transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GCGCTGATGCGTGCGGATGTAGTGTTCATCGGCACCAACGCGTTGACGTTGGATCACGGATTGTCTACGGCCGATTCCCAAGAGGCTGCCATGAAATCTGCGATGATCACCAACGCCCACAAGGTGGTGGTGTTGTGTGACTCCACCAAGATGGGCACCGACTACCTCGTGAGCTTTGGCGCAATCAGCGATATCGATGTGGTGGTCACCGATGCGGGTGCACCAGCAAGTTTCGTTGAGCAGTTGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGAATGATTCTTACAGTCACTGCAAGTCCGTATCTGTTGAGCACCAATGAGCTTGACGGCACCATCGAAATTGGCGAAGCAAACAAAATCCGGCAGGTTTCCACTGTTGCCGGTGGTTTTGGCACCGGTGTGGCTGCCACCTTGTTTTATGGCGGCAATGAAACTTTTGCAGTTTTTCCCGCTCCAGAAATCTCTCATTACATGCGCCTGGTGACGTT > CP025533/2042628‑2043120 | tttgctgatctagaaagtgagtttacctgtgggttttcgaaaattctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGcgn > 2:58303‑M2/246‑248 (MQ=255) ttgctgatctagaaagtgagtttacctgtgggttttcgaaaattctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCgag < 1:629636‑M2/5‑1 (MQ=255) ctgatctagaaagtgagtttacctgtgggttttcgaaaattctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAAc < 2:710359‑M2/8‑1 (MQ=255) ctgatctagaaagtgagtttacctgtgggttttcgaaaattctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAAc > 1:1223759‑M2/242‑249 (MQ=255) 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gtgggttttcgaaaattctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAg < 1:689650‑M2/32‑1 (MQ=255) tgggttttcgaaaattctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGa < 1:577409‑M2/33‑1 (MQ=255) gggttttcgaaaattctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGaa < 2:1144062‑M2/34‑1 (MQ=255) 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tctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGAATGATTCTTACAGTc > 2:469341‑M2/202‑249 (MQ=255) ctgggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGAATGATTCTTACAGTCa > 2:732396‑M2/201‑249 (MQ=255) nngggccggacaatagaaaaacgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggctttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGAATGATTCTTACAGTCAc < 1:980710‑M2/50‑1 (MQ=255) 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cgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGAATGATTCTTACAGTCACTGCAAGTCCGTATCTGTtgn > 2:503188‑M2/180‑248 (MQ=255) cgctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGAATGATTCTTACAGTCACTGCAAGTCCGTATCTGTtgn > 1:946746‑M2/180‑248 (MQ=255) ctgcccggtttttttgattgactcccgatttcacccctccgccggcaaccaaatgaggcttttgggcgttggacagtgagacaatgggtaagaaattcggacatatttagtaaattggctttttgctttaaggagtgacatgtacgcagaggagcgctgtttaagtttagtggatggGCGAGAACGCGATGTAGAAGTTGTGATTGCAGAATGATTCTTACAGTCACTGCAAGTCCGTATCTGTTGAGc > 2:77810‑M2/178‑249 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |