| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | 2110023 = | NA (NA) | 123 (0.970) | 103/496 | 0.1 | 97.6% | intergenic (+2/+13) | CYL77_10050/CYL77_10055 | ABC transporter ATP‑binding protein/ISL3 family transposase |
| ? | CP025533 | = 2702561 | 3 (0.020) | pseudogene (453/474 nt) | CYL77_12850 | IS630 family transposase | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GTACCTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGATGCTTGACCAACCA > CP025533/2702313‑2702809 | cgtatgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAAtt > 2:496192‑M2/241‑249 (MQ=255) tACCTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTg < 1:1259409‑M2/249‑2 (MQ=255) aCCTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTgg > 2:354493‑M2/1‑247 (MQ=255) ngcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGtt < 1:550124‑M2/13‑1 (MQ=255) cttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaaacgcCCGTTAATTCGtttt > 2:1155838‑M2/235‑249 (MQ=255) gCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctctt > 1:124576‑M2/1‑242 (MQ=255) gCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctctt < 1:58129‑M2/249‑8 (MQ=255) tcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggggagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTaa < 2:1186344‑M2/17‑1 (MQ=255) tCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcct < 1:378447‑M2/249‑11 (MQ=255) aaaaGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgtttt > 2:857939‑M2/1‑234 (MQ=255) aaaGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgtttta > 1:1100426‑M2/1‑233 (MQ=255) gtgtaatcacctgcattggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacatcatgggtaaagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccatgacaaaaggctggtttattttcgggtctacacagctagcccaggttcaatgatgtaccccaaaaccggaatggcACCTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGc > 2:376856‑M2/224‑249 (MQ=255) gTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagag > 2:724321‑M2/1‑230 (MQ=255) taatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGAt > 1:472232‑M2/221‑249 (MQ=255) taatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGAt < 1:367311‑M2/29‑1 (MQ=255) tGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagt > 1:304443‑M2/1‑229 (MQ=255) aGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcat < 1:410569‑M2/249‑25 (MQ=255) acctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAgg < 1:118469‑M2/34‑1 (MQ=255) ttCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgat < 1:679363‑M2/249‑29 (MQ=255) ttCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgat > 2:288371‑M2/1‑221 (MQ=255) cTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatgga > 1:175126‑M2/1‑213 (MQ=255) ttCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggacc < 1:723494‑M2/249‑39 (MQ=255) gcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATctcctc > 2:752833‑M2/203‑249 (MQ=255) cgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCtcctcc > 1:932716‑M2/202‑249 (MQ=255) tGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaact > 1:31161‑M2/1‑207 (MQ=255) cggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCcgcg > 2:1117203‑M2/199‑249 (MQ=255) ggTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactg > 2:944520‑M2/1‑206 (MQ=255) atggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGtttt < 1:820367‑M2/56‑1 (MQ=255) 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tGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcacc > 2:901452‑M2/1‑186 (MQ=255) cgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCt < 2:220855‑M2/73‑1 (MQ=255) tCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcaccgcagaatgtag < 2:310136‑M2/249‑75 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |