Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 2,420,733 | 0 | C | T | 44.9% | 293.7 / inf | 225 | P464S (CCA→TCA) | CYL77_11475 | HNH endonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/64); new base T (42/59); total (102/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCCCACCACCCGAACCGCCGAGCCCGCCGGATCCACCTGGTCCTGAGCCGGATCCTGGTGATGAGGGCAGATTGTTCTAGCCCTTGTTATTGCTGAGTTGTTGTCATGTTGTTGTGCCTGTTGTCAGTCGCCCCAGTGTGTCTGATACCGGACACACCCATGC > CP025533/2420485‑2420980 | cGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTAcc > 1:415564/1‑249 (MQ=33) cGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTAcc > 1:261511/1‑249 (MQ=33) gAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACCAccc < 1:84899/249‑1 (MQ=17) cAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAgcaagtggt < 1:740794/249‑9 (MQ=11) cGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAg > 1:208227/1‑249 (MQ=33) gCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAgg < 2:810303/249‑1 (MQ=33) gCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAgg > 1:959655/1‑249 (MQ=11) gCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCATTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAgg < 1:761439/249‑1 (MQ=17) aTCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAgggg < 1:193054/249‑1 (MQ=11) tCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGc < 1:747829/249‑1 (MQ=11) cgcgTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGcc > 1:276212/1‑249 (MQ=32) gttgttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGgt < 1:300119/249‑1 (MQ=11) gttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGGGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGtt > 2:368483/1‑249 (MQ=17) ttGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTa > 2:669120/1‑249 (MQ=33) cTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAAcc < 2:187469/249‑1 (MQ=11) tGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTc > 1:315218/1‑249 (MQ=11) gTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGgc < 1:235491/249‑1 (MQ=11) ggTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGgctgc > 1:1218995/1‑249 (MQ=11) gtgtGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGgctgct > 1:147633/1‑249 (MQ=11) ncGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGAt < 1:465505/248‑1 (MQ=11) cGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGAtc > 1:566127/1‑248 (MQ=11) cGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCGGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCGCAGGCATTAGTGCTTTAATCACCACCCGCCCAACGATGATTCCAGGAGTTGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATa < 1:185396/249‑1 (MQ=255) 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agagTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTaa < 1:1031095/249‑1 (MQ=35) gagTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTaaa > 1:1084118/1‑249 (MQ=37) gCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGGGTGGGCCAGACGTAAAcatc > 2:1015850/1‑249 (MQ=37) 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atTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCCcaccac < 2:1141091/249‑1 (MQ=40) tttAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCCCaccacc < 1:942704/249‑1 (MQ=40) aTCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATCGTTCCGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAGCATCATGGCCCACCACCGGAAc > 2:186290/1‑249 (MQ=11) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |