Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 2,420,781 | 0 | A | C | 36.4% | 437.5 / 311.4 | 209 | S480R (AGT→CGT) | CYL77_11475 | HNH endonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/70); new base C (30/46); total (93/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.28e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCCCACCACCCGAACCGCCGAGCCCGCCGGATCCACCTGGTCCTGAGCCGGATCCTGGTGATGAGGGCAGATTGTTCTAGCCCTTGTTATTGCTGAGTTGTTGTCATGTTGTTGTGCCTGTTGTCAGTCGCCCCAGTGTGTCTGATACCGGACACACCCATGCCTTGCATCAACATACCGACAAGCCAGCACACCCCGAACTGGCCAGCCG > CP025533/2420533‑2421028 | cGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCGGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCGCAGGCATTAGTGCTTTAATCACCACCCGCCCAACGATGATTCCAGGAGTTGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATa < 1:185396/249‑1 (MQ=255) 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aCAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGt > 1:478686/1‑249 (MQ=34) cGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATAATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCa < 1:890543/249‑1 (MQ=18) gCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAg < 2:1092403/249‑1 (MQ=34) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |