| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | = 2272427 | 3 (0.020) | 144 (0.920) | 120/496 | 0.2 | 98.0% | coding (172/219 nt) | CYL77_10780 | hypothetical protein |
| ? | CP025533 | 2352055 = | NA (NA) | intergenic (+229/+7) | CYL77_11115/CYL77_11120 | permease/IS30 family transposase ISCg2 | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CTTGGTCTTGCATTAGGTTGGGCAGTGAAGACCCCTTTGGCTCGAGAAGGCGATTTAAAGGGTCGGATTTTCACATGGACCTTTGGTGTGGATGGGGTGCATTCAGGCGCTTAAAAGTGATTCTGAAAGGGCTCTATTTTGTTACCAGGATGACAGGTGTGATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP025533/2272182‑2272427‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCACGGCGAATGAGGATCACAGAAAAACACCGGACACTTGGTCACC > CP025533/2352055‑2352302 nTGGTCTTGCATTAGGTTGGGCAGTGAAGACCCCTTTGGCTCGAGAAGGCGATTTAAAGGGTCGGATTTTCACATGGACCTTTGGTGTGGATGGGGTGCATTCAGGCGCTTAAAAGTGATTCTGAAAGGGCTCTATTTTGTTACCAGGATGACAGGTGTGATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCG < 1:1179695/248‑1 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TGCATTAGGTTGGGCAGTGAAGACCCCTTTGGCTCGAGAAGGCGATTTAAAGGGTCGGATTTTCACATGGACCTTTGGTGTGGATGGGGTGCATTCAGGCGCTTAAAAGTGATTCTGAAAGGGCTCTATTTTGTTACCAGGATGACAGGTGTGATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAA < 2:1220671/249‑1 CAGTGAAGACCCCTTTGGCTCGAGAAGGCGATTTAAAGGGTCGGATTTTCACATGGACCTTTGGTGTGGATGGGGTGCATTCAGGCGCTTAAAAGTGATTCTGAAAGGGCTCTATTTTGTTACCAGGATGACAGGTGTGATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACC > 1:458524/1‑249 AGACCCCTTTGGCTCGAGAAGGCGATTTAAAGGGTCGGATTTTCACATGGACCTTTGGTGTGGATGGGGTGCATTCAGGCGCTTAAAAGTGATTCTGAAAGGGCTCTATTTTGTTACCAGGATGACAGGTGTGATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTAC < 2:164689/249‑1 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CCTTTGGCTCGAGAAGGCGATTTAAAGGGTCGGATTTTCACATGGACCTTTGGTGTGGATGGGGTGCATTCAGGCGCTTAAAAGTGATTCTGAAAGGGCTCTATTTTGTTACCAGGATGACAGGTGTGATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTT < 1:696271/249‑1 CTTTTGCTCGATAAGGCGATTTAAAGGGTCGGATTTTCACATGGACCTTTGGTGTGGATGGGGTGCATTCAGGCGCTTAAAAGTGATTCTGAAAGGGCTCTATTTTGTTACCAGGATGACAGGTGTGATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTT < 2:229549/249‑1 nTTGGCTCGAGAAGGCGATTTAAAGGGTCGGATTTTCACATGGACCTTTGGTGTGGATGGGGTGCATTCAGGCGCTTAAAAGTGATTCTGAAAGGGCTCTATTTTGTTACCAGGATGACAGGTGTGATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTT < 1:1275069/248‑1 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ATTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACTGCCCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGCAAAAATCC > 2:502097/1‑249 TTCCTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCC < 2:1012360/249‑1 CTGTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGA < 2:561485/249‑1 GTGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACC > 1:905589/1‑249 TGGATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCA > 1:736737/1‑249 GATGCGCTAATCAAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAAT < 2:1052244/249‑1 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AAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTC > 1:1032343/1‑249 AAGAACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTC > 1:884413/1‑249 AACTCGTCACGGACCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCA < 1:384168/249‑1 CCTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCT > 2:902794/1‑249 CCTGTGGCCAAACCATTTAATCCAACGAATTTTTGCCTATCCCCCTCCGGCCAATTCCATCGGTTGATGCAACAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCT < 2:1154941/249‑1 CTGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTG < 2:694452/249‑1 TGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGC > 2:115296/1‑249 TGTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGC > 2:889861/1‑249 GTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCC < 2:4500/249‑1 GTGGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCC < 1:1417382/249‑1 GGCCAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCAC < 1:782881/249‑1 CAGACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCACGGC > 2:416335/1‑249 GACCATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCACGGCGA > 1:818425/1‑249 ATTAAATCGAACGAATTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCACGGCGAATGA < 2:914893/249‑1 AAATCGAACGATTTTTTGCATATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGTTTTTAAACCCATGCTTTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGCCCCACGCTGCCACGGCGAATGAGGA < 2:359622/249‑1 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ATCCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCACGGCGAATGAGGATCACAGAAAAACACCGGACAC > 2:350037/1‑249 CCCCCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCACGGCGAATGAGGATCACAGAAAAACACCGGACACTT > 1:494170/1‑249 CCTCGGGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCACGGCGAATGAGGATCACAGAAAAACACCGGACACTTGGT > 1:142733/1‑249 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CP025533/2272182‑2272427‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCGAATTCAATCGGTGGATGCACCAACTACGATTTTTTCATATACCTGCGTCGCGCTTTTAAAACCATGCATTTTCCGCGGCCGGTAATTCAGCAGATCCTGTGCCCGCTGAACTTCTTCGTCACTTACTTTAGCAAAATTAGTGCCCTTCGGGAAAAAATCCCTGACCAATCCATTCGTATTCTCATTCGACCCACGCTGCCACGGCGAATGAGGATCACAGAAAAACACCGGACACTTGGTCACC > CP025533/2352055‑2352302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |