New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP025533 | = 273426 | 194 (1.240) | 137 (0.890) +GCTA |
119/488 | 0.2 | 45.6% | coding (1035/1035 nt) | CYL77_01370 | aspartate‑semialdehyde dehydrogenase |
? | CP025533 | 1241641 = | 138 (0.880) | coding (1636/1653 nt) | CYL77_05965 | arginine‑‑tRNA ligase |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
GCCGAATTCGACAAGGCAATCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAAAACCCGCCATTAAAAACTCCGCTTGAGTGCTACACTTTAAGCGGGGTTTTAATGTTTGAGGGGCGATGGGGGTCGAGCTTGTGAAGTGGAATTTTCCACAAGTTTTAAGTTTCTTTAGCAGGGGAAACACTGCTGATAGCACTAGCGATAAAGAACATGAAAATGCAACGGAGCTAGCGGCCGAAGCTTTAGCGGATGTCATTTTTCAGTGGAAAAACTGGGTCTACCGACGCGTTGATAGTGTGCA > CP025533/273178‑273674 | gCCGAATTCGACAAGGCAATCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTaa < 1:634064/249‑1 (MQ=255) cGAATTCGACAAGGCAATCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTaaaa < 2:1081989/249‑1 (MQ=255) cGAATTCGACAAGGCAATCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAgc > 2:1446384‑M1/1‑247 (MQ=255) cAAGGCACTCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAAAACCCGCCAt < 1:1078018/249‑1 (MQ=255) aaGGCAATCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAgctagcaccggn > 2:1156658‑M1/1‑237 (MQ=255) cAATCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAgctagcaccggagaag < 2:1288178‑M1/249‑17 (MQ=255) cAATCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAgctagcaccggagaag < 2:1005136‑M1/249‑17 (MQ=255) cAATCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAAAACCCGCCATTaaaa < 2:773575/249‑1 (MQ=255) aaTCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGATCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAgctagcaccggagannn > 1:1406361‑M1/1‑232 (MQ=255) aaTCACCGTGGACCAGGCGCAGGAGACCTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAAAACCCGCCATTaaaaa < 2:926041/249‑1 (MQ=255) 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cTTGGGTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAgctagcaccggagaagatgtaacaatggctacagttgaaaattt > 1:32293‑M1/1‑205 (MQ=255) ggTGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTTAGCTGCTGGTTAAGTAAgctagcaccggagaagatgtaacaatggctacagttgaaaatttcaat < 2:316881‑M1/249‑49 (MQ=255) tGCCGCTTCAGGCGTCAAGCTTGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAAAACCCGCCATTAAAAACTCCGCTTGAGTGCTACACTTTAAGCGGGGttt < 2:232238/249‑1 (MQ=255) 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tGTCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAAAACCCGCCATTAAAAACTCCGCTTGAGTGCTACACTTTAAGCGGGGTTTTAATGTTTGAGGGGCGATggg < 1:39878/249‑1 (MQ=255) tCGACGTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTTACGAATCCCTCGTGGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTGGACGATAACCGCGGTCTGGTTCGCGTCGTATCGGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGTTCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAAAACCCGCCATTAAAAACTCCGCTTGAGTGCTACACTTTAAGCGGGGTTTTAATGTTTGAGGGGCGATggggg < 2:1506814/249‑1 (MQ=255) gTCCCAACCCCACTTGCAGCTGCCGGCATTGACGAATCCCTCGTTGGACGCATCCGTCAGGACTCCACTGTCGACGATAACCGCGGTCTGGTTCTCGTCGTATCTGGCGACAACCTCCGCAAGGGTGCTGCGCTAAACACCATCCAGATCGCTGAGCTGCTGGTTAAGTAAgctagcaccggagaagatgtaacaatggctacagttgaaaatttcaatgaacttcccgcacacgtatggccacgcaat > 1:839614‑M1/1‑171 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |