| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | 1329802 = | 143 (0.910) | 149 (1.000) +GGATCCCCGATC |
128/472 | 0.0 | 50.2% | coding (910/1086 nt) | CYL77_06375 | oxidoreductase |
| ? | CP025533 | = 1330852 | 168 (1.070) | coding (106/873 nt) | CYL77_06385 | lysine export transcriptional regulatory protein LysG | |||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
CCAGTACATTCTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCGGCCAAAGCAACCGAAGCGGGTGAAGTCCTTGTGCAAGCAGCGCGGAAAATGGTGTTGCTGCAAGCAGAAACTAAAGCGCAACTATCTGGACGCCTTGCTGAAATCCCGTTAACCATCGCCATCAACGCAGATTCGCTATCCACATGGTTTCCTCCCGTGTTCAACGAGGTAGCTTCTTGGGGTGGAGCAACGCTC > CP025533/1330604‑1331100 | aCATTCTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcg < 2:1373367‑M2/249‑6 (MQ=255) aCATTCTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTaaa < 1:446083/249‑1 (MQ=255) ttCTGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGct > 1:57212/1‑249 (MQ=255) tGCGGTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCtctc > 1:302498/1‑249 (MQ=255) ggTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccac < 2:298677‑M2/249‑15 (MQ=255) ggTCCGATGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAg < 2:1327673/249‑1 (MQ=255) aTGGACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCAc < 1:503106/249‑1 (MQ=255) ggACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGt < 1:1286564/249‑1 (MQ=255) gACAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccag > 2:497040‑M2/1‑226 (MQ=255) aCAGTAAAAGACTGGCCCCCAAAAGCAGACCTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTgg > 1:588052/1‑249 (MQ=255) 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ccTGTAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCg < 2:754790/249‑1 (MQ=255) tAATGAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGTTAAAGCTCTCGAGCATCACGTGGGTCGAGTGTTGGTATCGCGCACCCAACCGGCCa < 1:156631/249‑1 (MQ=255) gAAGATTTCCATGATCACCATCGTGACCTATGGAAGTACTTAAGT‑AAAATGATTGGTTCTTAACATGGTTTAATATAGCTTCATGAACCCCATTCAACTGGACACTTTGCTCTCAATCATTGATGAAGGCAGCTTCGAAGGCGCCTCCTTAGCCCTTTCCATTTCCCCCTCGGCGGTGAGTCAGCGCGgatcggggatccaccgtgaccagtgcattgattggtgcttcgtcagttgagcagctggaca > 1:179561‑M2/1‑188 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |