| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | = 2632709 | NA (NA) | 167 (1.070) | 136/494 | 0.0 | 96.5% | intergenic (‑128/‑114) | CYL77_12475/CYL77_12480 | ISL3 family transposase/hypothetical protein |
| ? | CP025533 | 2702553 = | 6 (0.040) | pseudogene (461/474 nt) | CYL77_12850 | IS630 family transposase | |||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
GCAGTTACGTACCTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGATGCTTG > CP025533/2702305‑2702801 | gtcgagtgcgtctgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcc < 2:186963‑M2/1‑1 (MQ=255)gCAGTTACGTACCTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGCGACAGCTTGTTTGACTTTTCTTCTTCCGCTGCTGCTAGTGTCCTgcgc > 2:657346/1‑249 (MQ=255) gtgcgtctgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTa < 1:906762‑M2/6‑1 (MQ=255) tctgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCg < 2:502610‑M2/11‑1 (MQ=255) ttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTa > 1:1260506‑M2/234‑249 (MQ=255) ttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTa > 2:298130‑M2/234‑249 (MQ=255) gCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctctt < 1:6285‑M2/249‑8 (MQ=255) cgagcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctaggtccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtctggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAg < 2:515886‑M2/18‑1 (MQ=255) cagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATc < 1:1345018‑M2/22‑1 (MQ=255) agggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCg < 2:563258‑M2/23‑1 (MQ=255) 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gCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatgg > 2:916454‑M2/1‑214 (MQ=255) aagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATctcc < 1:1058316‑M2/45‑1 (MQ=255) tGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaact > 2:978629‑M2/1‑207 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |