Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 2,084,510 | 0 | T | A | 44.8% | 124.0 / inf | 277 | intergenic (‑12/+189) | dapA/CYL77_09945 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/thymidylate synthase (FAD) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/72); new base A (58/66); total (139/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.16e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
AACTTCCTCACGAACGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑T‑TT‑‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTACGGCTGTCTTTTACAGCCAAAAATGTTGTCTTAACTATATGAATTTTTAGCTCGTGGGTGTGAGCTTTGCGTTAAAAGTCCATGACATACGGGCTTGTTGCCATTTGCGATCCGTCTGCCAAAGTTTCAAT > CP025533/2084262‑2084758 | tCCTCACGAACGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGACTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTAcc > 1:349196/1‑249 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |