Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 2,420,717 | 0 | A | C | 45.4% | 407.7 / inf | 291 | G458G (GGA→GGC) | CYL77_11475 | HNH endonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/72); new base C (65/67); total (152/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
AGGATGCAGCGCTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCCCACCACCCGAACCGCCGAGCCCGCCGGATCCACCTGGTCCTGAGCCGGATCCTGGTGATGAGGGCAGATTGTTCTAGCCCTTGTTATTGCTGAGTTGTTGTCATGTTGTTGTGCCTGTTGTCAGTCGCCCCAGTGTGTCTGATAC > CP025533/2420469‑2420965 | aGGATGCAGCGCTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGa < 2:1287389/249‑1 (MQ=32) aGGATGCAGCGCTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGa < 1:809041/249‑1 (MQ=32) cgcTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTgggg > 1:425038/1‑249 (MQ=32) cgcTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTgggg < 1:1185830/249‑1 (MQ=32) cgcTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTgggg < 1:1277874/249‑1 (MQ=32) cTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCa < 1:1064420/249‑1 (MQ=32) cTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGtaggtca < 2:586135/249‑7 (MQ=2) cTCAGCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGtaggtca < 2:444360/249‑7 (MQ=2) gCGAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTAc > 1:591790/1‑249 (MQ=33) gAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTActc > 1:393862/1‑247 (MQ=255) gAACCTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTActc > 1:173323/1‑247 (MQ=12) ccTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAgt > 2:342232/1‑249 (MQ=33) cTGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAgca > 2:1370404/1‑247 (MQ=11) tGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAgtgg > 1:1160847/1‑249 (MQ=33) tGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAgcan > 1:912109/1‑246 (MQ=255) gACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAGTCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAgtggg < 1:676158/249‑1 (MQ=18) 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cAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGggtggt < 2:750281/249‑1 (MQ=32) aTCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAgggg > 2:770195/1‑249 (MQ=32) cgcgTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGcc > 1:164161/1‑249 (MQ=32) gcgTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCg < 1:540032/249‑1 (MQ=11) gttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGtt < 1:999452/249‑1 (MQ=11) gttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGtt > 2:1450791/1‑249 (MQ=11) 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cTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAAcc > 1:1343559/1‑249 (MQ=11) tCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCgg < 1:1125025/249‑1 (MQ=11) ggTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGgctgc > 2:1082064/1‑249 (MQ=33) 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aaTTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGggt > 2:1035411/1‑249 (MQ=35) gACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCAACATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCg > 1:568788/1‑249 (MQ=21) aGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGAc > 2:1315907/1‑249 (MQ=34) agagTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTaa < 1:1445473/249‑1 (MQ=37) agagTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTaa > 2:878276/1‑249 (MQ=35) tGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAAcat < 2:172805/249‑1 (MQ=38) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |