Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 2,084,508 | 0 | G | T | 44.8% | 140.2 / inf | 277 | intergenic (‑10/+191) | dapA/CYL77_09945 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/thymidylate synthase (FAD) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/72); new base T (58/66); total (139/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
AACTTCCTCACGAACGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TT‑T‑‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTACGGCTGTCTTTTACAGCCAAAAATGTTGTCTTAACTATATGAATTTTTAGCTCGTGGGTGTGAGCTTTGCGTTAAAAGTCCATGACATACGGGCTTGTTGCCATTTGCGATCCGTCTGCCAAAGTTTCA > CP025533/2084262‑2084756 | tCCTCACGAACGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGACTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTAcc > 1:349196/1‑249 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |