| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP025533 | 512,869 | 2 bp→TT | intergenic (+160/‑365) | CYL77_02540 → / → CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP025533 | 512,869 | 0 | G | T | 99.3% | 529.0 / NA | 140 | intergenic (+160/‑366) | CYL77_02540/CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (67/72); minor base C (1/0); total (68/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP025533 | 512,870 | 0 | C | T | 100.0% | 540.5 / NA | 140 | intergenic (+161/‑365) | CYL77_02540/CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (68/72); total (68/72) | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GGGCGCAAACAAGGACGACGCTGAGGCTGCAAAGGCTAAGCTCGAAGAGGCTGGCGCAAAGGTCACCCTTAAGTAAGAACTTTCTTACACCTTTTCAAAACCCCACACCCTGGACTCGATCCAGGGGTGGGGTTTTGTGCTGTCTGGGGTGGGTTTGGGTTGGGTTTTGGGGTTTGTTGGGGTCGGCGGTGTCTTAAGTTCGATTTCACGGTAGCGGTTTCTCAACTACGGTTTCGCGGGCTCAATTTCTTAAGAGCGATTTCACTCGGTTTTTGGTGGTTTTGCGAATGGTCTCGAAGGTAAGAAATTGGATTTGAGAAATTGTATTTGAGGTATCGAACTTAAGTGGGGGAGTCCTTCGCCTCGATATGGCTGCAGCAGTCCTATTGCTCGACTTCGCGTGTGCTGACTTCTCATGCTCAACTTCTCGTCATACGACTTCAGTAGGAAATCCTGACGGCGCCGACGGAAGTCG > CP025533/512634‑513108 || gggCGCAAACAAGGACGACGCTGAGGCTGCAAAGGCTAAGCTCGAAGAGGCTGGCGCAAAGGTCACCCTTAAGTAAGAACTTTCTTACACCTTTTCAAAACCCCACACCCTGGACTCGATCCAGGGGTGGGGTTTTGTGCTGTCTGGGGTGGGTTTGGGTTGGGTTTTGGGGTTTGTTGGGGTCGGCGGTGTCTTAAGTTCGATTTCACGGTAGCGGTTTCTCAACTACGGTTTCTTGCGCTCAATTTc < 1:1318440/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |