Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP025533 | 2,084,510 | 0 | T | A | 50.3% | ‑3.4 / inf | 297 | intergenic (‑12/+189) | dapA/CYL77_09945 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/thymidylate synthase (FAD) |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ACTTCCTCACGAACGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTACGGCTGTCTTTTACAGCCAAAAATGTTGTCTTAACTATATGAATTTTTAGCTCGTGGGTGTGAGCTTTGCGTTAAAAGTCCATGACATACGGGCTTGTTGCCATTTGCGATCCGTCTGCCAAAGTTTC > CP025533/2084263‑2084755 | cGAACGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCttcttc > 1:520395/1‑249 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |