Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 2,420,738 | 0 | G | A | 47.0% | 282.9 / inf | 230 | V465V (GTG→GTA) ‡ | CYL77_11475 | HNH endonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/67); new base A (52/56); total (107/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TGACTCAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCCCACCACCCGAACCGCCGAGCCCGCCGGATCCACCTGGTCCTGAGCCGGATCCTGGTGATGAGGGCAGATTGTTCTAGCCCTTGTTATTGCTGAGTTGTTGTCATGTTGTTGTGCCTGTTGTCAGTCGCCCCAGTGTGTCTGATACCGGACACACCCATGCCTTG > CP025533/2420491‑2420984 | cAACGCATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGggtggt < 1:228467/249‑1 (MQ=33) cATCGCGTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAggg < 2:521845/249‑1 (MQ=32) cgTTGTTTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCgg < 1:934099/249‑1 (MQ=32) gttgttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGgt < 2:333109/249‑1 (MQ=32) gttgttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGgt < 1:1316597/249‑1 (MQ=33) gttgttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGgt > 2:241759/1‑249 (MQ=11) gttgttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGgt > 1:603312/1‑249 (MQ=11) gttgttTGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCCGTTACTGGCAGAGTAGGTCACTACTCAGCAAGTGGTGAGGGGCCGgt > 2:1060948/1‑249 (MQ=11) tttGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGttt > 1:646907/1‑249 (MQ=32) tGCTTCTGAGTTGGTGTGCTCGGCACCCAATTGTGACAGGCCGCAGTTAGAGTGCGAGGTTCATCATTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTaa < 1:79829/249‑1 (MQ=32) 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catcatTTAGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCGGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCcca < 2:110332/249‑1 (MQ=38) aGATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCCCACCACCCGa < 2:167862/249‑1 (MQ=255) gATCCCTGGATGAGAGGTGGGCTGACCAACCTGGTCAATCTCACGCATCAGTGCTTTAATCACCACCCACGCAACGATGATTCCAGGAGTGGGGTCAATGGTAAAGGGTTTATGGACCGCGATCCTGCTACTGGAAGAGTGGGGCACTACCCAGTGGGTGGTGAGGGGCCGGTGTTTAACCGGTCGGCTGCTGCTGATAGTTCGGGTGGTGCGTGGGCCAGACGTAAACATCATGGCCCACCACCCGaa < 1:317800/249‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |