Predicted mutation | ||||||
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RA | CP025533 | 1,324,992 | C→T | P290S (CCA→TCA) | CYL77_06355 → | iron‑siderophore ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 1,324,992 | 0 | C | T | 99.3% | 550.8 / NA | 137 | P290S (CCA→TCA) | CYL77_06355 | iron‑siderophore ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (71/65); total (72/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CTGAGAAGACCGCGGCTGCTGTATCTGCAACGGCAACCAGCTGGGGTGCATACATCAAGGGCTCCAACCGTGTAGATACTTTGCTGGACCTGGGCTTCCAGGAAAACCCTGAGCTGGCTAAACAGCAACCTGGCGATACGGGTTTCTCCATCAAATTCAGTGAAGAGACTTTCGGCGTTGTGGATTCCGACCTGGTTGTCGGCTTTGCCATCGGTATGACTCCTGAGGAAATGGCAGAGCAGGTTCCATGGCAGATGTTGACCGCCACTCGTGACGGCCGTTCCTTTGTGATGCCCCGTGAGATTTCCAATGCGTTTTCTTTGGGTTCCCCGCAGTCCACTCGGTTCGCGTTAGACGCCTTGGTGCCACTTCTGGAGGAGCATGCAGGGGAGTAGTGGTCCGGTGGTGCGGGCAGGGGGTAGCGGTCGAATTATTTGCCTGTGGGCATAATTTTGAGACAAAATAATAGAAACGTCTCAGATGTTGGGAA > CP025533/1324747‑1325236 | cTGAGAAGACCGCGGCTGCTGTATCTGCAACGGCAACCAGCTGGGGTGCATACATCAAGGGCTCCAACCGTGTAGATACTTTGCTGGACCTGGGCTTCCAGGAAAACCCTGAGCTGGCTAAACAGCAACCTGGCGATACGGGTTTCTCCATCAAATTCAGTGAAGAGACTTTCGGCGTTGTGGATTCCGACCTGGTTGTCGGCTTTGCCATCGGTATGACTCCTGAGGAAATGGCCGAGCAGGTTTCAt > 2:1130212/1‑249 (MQ=255) gcgGCTGCTGTATCTGCAACGGCAACCAGCTGGGGTGCATACATCAAGGGCTCCAACCGTGTAGATACTTTGCTGGACCTGGGCTTCCAGGAAAACCCTGAGCTGGCTAAACAGCAACCTGGCGATACGGGTTTCTCCATCAAATTCAGTGAAGAGACTTTCGGCGTTGTGGATTCCGACCTGGTTGTCGGCTTTGCCATCGGTATGACTCCTGAGGAAATGGCAGAGCAGGTTTCATGGCAGATGTTg < 1:468259/249‑1 (MQ=255) gcgGCTGCTGTATCTGCAACGGCAACCAGCTGGGGTGCATACATCAAGGGCTCCAACCGTGTAGATACTTTGCTGGACCTGGGCTTCCAGGAAAACCCTGAGCTGGCTAAACAGCAACCTGGCGATACGGGTTTCTCCATCAAATTCAGTGAAGAGACTTTCGGCGTTGTGGATTCCGACCTGGTTGTCGGCTTTGCCATCGGTATGACTCCTGAGGAAATGGCAGAGCAGGTTTCATGGCAGATGTTg < 2:133031/249‑1 (MQ=255) ctgctgTATCTGCAACGGCAACCAGCTGGGGTGCATACATCAAGGGCTCCAACCGTGTAGATACTTTGCTGGACCTGGGCTTCCAGGAAAACCCTGAGCTGGCTAAACAGCAACCTGGCGATACGGGTTTCTCCATCAAATTCAGTGAAGAGACTTTCGGCGTTGTGGATTCCGACCTGGTTGTCGGCTTTGCCATCGGTATGACTCCTGAGGAAATGGCAGAGCAGGTTTCATGGCAGATGTTGACCg < 1:563497/249‑1 (MQ=255) 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cAAGGGCTCCAACCGTGTAGATACTTTGCTGGACCTGGGCTTCCAGGAAAACCCTGAGCTGGCTAAACAGCAACCTGGCGATACGGGTTTCTCCATCAAATTCAGTGAAGAGACTTTCGGCGTTGTGGATTCCGACCTGGTTGTCGGCTTTGCCATCGGTATGACTCCTGAGGAAATGGCAGAGCAGGTTTCATGGCAGATGTTGACCGCCACTCGTGACGGCCGTTCCTTTGTGATGCCCCGTGAGAt > 2:940908/1‑249 (MQ=255) cTCCAACCGTGTAGATACTTTGCTGGACCTGGGCTTCCAGGAAAACCCTGAGCTGGCTAAACAGCAACCTGGCGATACGGGTTTCTCCATCAAATTCAGTGAAGAGACTTTCGGCGTTGTGGATTCCGACCTGGTTGTCGGCTTTGCCATCGGTATGACTCCTGAGGAAATGGCAGAGCAGGTTTCATGGCAGATGTTGACCGCCACTCGTGACGGCCGTTCCTTTGTGATGCCCCGTGAGATTTCCaa < 1:9696/249‑1 (MQ=255) tCCAACCGTGTAGATACTTTGCTGGACCTGGGCTTCCAGGAAAACCCTGAGCTGGCTAAACAGCAACCTGGCGATACGGGTTTCTCCATCAAATTCAGTGAAGAGACTTTCGGCGTTGTGGATTCCGACCTGGTTGTCGGCTTTGCCATCGGTATGACTCCTGAGGAAATGGCAGAGCAGGTTTCATGGCAGATGTTGACCGCCACTCGTGACGGCCGTTCCTTTGTGATGCCCCGTGAGATTTCCAAt > 1:1042014/1‑249 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |