Predicted mutation | ||||||
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RA | CP025533 | 512,869 | 2 bp→TT | intergenic (+160/‑365) | CYL77_02540 → / → CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 512,869 | 0 | G | T | 99.1% | 417.5 / NA | 114 | intergenic (+160/‑366) | CYL77_02540/CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP025533 | 512,870 | 0 | C | T | 100.0% | 419.5 / NA | 114 | intergenic (+161/‑365) | CYL77_02540/CYL77_02545 | 50S ribosomal protein L7/L12/DUF3068 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (60/54); total (60/54) |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GAGGGCGCAAACAAGGACGACGCTGAGGCTGCAAAGGCTAAGCTCGAAGAGGCTGGCGCAAAGGTCACCCTTAAGTAAGAACTTTCTTACACCTTTTCAAAACCCCACACCCTGGACTCGATCCAGGGGTGGGGTTTTGTGCTGTCTGGGGTGGGTTTGGGTTGGGTTTTGGGGTTTGTTGGGGTCGGCGGTGTCTTAAGTTCGATTTCACGGTAGCGGTTTCTCAACTACGGTTTCGCGGGCTCAATTTCTTAAGAGCGATTTCACTCGGTTTTTGGTGGTTTTGCGAATGGTCTCGAAGGTAAGAAATTGGATTTGAGAAATTGTATTTGAGGTATCGAACTTAAGTGGGGGAGTCCTTCGCCTCGATATGGCTGCAGCAGTCCTATTGCTCGACTTCGCGTGTGCTGACTTCTCATGCTCAACTTCTCGTCATACGACTTCAGTAGGAAATCCTGACGGCGCCGACGGAAGTC > CP025533/512632‑513107 || gAGGGCGCAAACAAGGACGACGCTGAGGCTGCAAAGGCTAAGCTCGAAGAGGCTGGCGCAAAGGTCACCCTTAAGTAAGAACTTTCTTACACCTTTTCAAAACCCCACACCCTGGACTCGATCCAGGGGTGGGGTTTTGTGCTGTCTGGGGTGGGTTTGGGTTGGGTTGTGGGGTTTGTTGGGGTCGGCGGTGTCTTAAGTTCGATTTCACGGTAGCGGTTTCTCAACTACGGTTTCTTGCGCTCAAtt > 2:32023/1‑249 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |